中西医之间由论争发展到激烈对抗，主要是在民国时期，民国元年(1912年)学制改新，北洋政府屏中医于学制之外，由此引发了中医界首次的抗争请愿活动。国民政府奠都南京后，废止中医论者得到当局的支持，废止中医活动愈演愈烈。1928年全日教育会议上，汪企张首次提出废止中医案，未获通过。翌年中央卫生委员会议上，由余云岫提出的废止中医案获得通过，成为民国时期大规模中医抗争运动的导火线。其后为设立中央国医馆，颁布《中医条例》都引起中西医双方激烈的斗争，直至抗战爆发才告一段落。
一、北洋政论时期争取中医教育合法化的请愿
1918年7月，北洋政府举行教育会谈，参照日本学制，制订了《王子癸丑学制》。1912年11月北洋政府教育部颁布了《医学专门学校规程》。1913年1月，北洋政府教育部公布了《大学规程》医学、药学两门，完全没有中医药学方面的规定，这就是民元的所谓教育系统“漏列”中医事件。
首次请愿活动，北洋政府教育部颁布法规后，引起了中医界的警觉，有识之士纷纷谴责。首先提出抗议的是上海神州医药总合会长余伯陶(德埙)等人，该会还联合了其它省市的中医药同业组织“医药救亡请愿团”。至1813年10月已有19个省市的医学团体响应此举，并派代表参加。当时推举的代表晋京请愿。
二、国民政府时期的中医抗争运动
1929年2月23—26日，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议，由卫生部副部长刘瑞恒主持。会上讨论了有关废止中医药的提案共四项，分别是：
1、中字第十四提案：《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》。2、生字第二十二号提案：《统一医士登录方法》。3、生字第三十六号提案，《制定中医登记年限》。4、生字第四十二号提案：《拟请规定限制中医生及中药材之办法案》其中，余云岫提出的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》基本包括了后三项提案的内容。他在提案中提出了彻底消灭中医的具体措施共六条。会上还议决将上述四项提案合并为《规定旧医登记案原则》，委托卫生部施行：
甲．旧医登记限至民国19年(1930年)底止。
乙．禁止旧学校。
丙．其余如取缔新闻杂志等非科学之宣传品及登记介绍旧医等事由，卫生部尽力相机进行。
这就是中医近代史上著名的“废止中医案”。
全国中医药界联合请愿，1929年2月26日，上海《新闻报》首先披露此事。消息传出，全国为之震动。上海市中医协会首先发起召开上海市医药团体联席会议，邀集神州医药总会、中华医药联合会、上海中国医学院、医界春秋社等40余个中医药团体的代表商讨对策(Petition Report of National Medical and Pharmaceutical Organizations Chronicle of Medical Field,1929,34:48.全国医药团体请愿报告,医界春秋，1929，(34)：48)。会上讨论决定，组织上海医药团体联合会以便采取统一行动，议决筹备召开全国医药团体代表大会，定会期为3月17日。1923年8月17日，全国医药团体代表大会假上海商会会场举行开幕式。
为了表示对大会的支持和拥护，上海中医、中药界分别停业半天，药店门前张贴许多醒目的标语，如“拥护中医药就是保持我国的国粹”、“取缔中医药就是致病民的死命”、“反对卫生部取缔中医的决议案’等等。会场上悬挂着巨幅对联“提倡中医以防文化侵略”、“提倡中药以防经济侵略”。出席大会的有江苏、浙江、安徽、江西、福建、广东、广西、湖南、湖北、四川、河南、河北、山东、山西等15省132个团体的代表共262人。大会还推举陆仲安、随翰英、蔡济平、张梅庵等为主席团成员。请愿问题，议决由执行委员会负责办理。推选谢利恒、随翰英、蒋文芳、陈存仁、张梅庵组成晋京请愿团，张赞臣、岑志良为随行秘书。分别向国民党第三次全国代表大会、国民政府、行政院、立法院、卫生部、教育部等单位请愿，要求撤销废止中医提案。由于全国中医界的据理力争，迫使南京政府在强大的社会舆论面前作出让步，不得不将废止中医案搁置起来。
然而这没能使南京政府歧视和排挤中医政策性根本变化。1929年12月1日，全国医药团体总联合会第一次临时代表大会如期在上海举行。出席者有17行省及香港、菲律宾等地区233个团体，457位代表会议历时五天，群情激愤，提案有百余项；经大会讨论议决组织请愿团(Records of First Provisional National Congress and Petition.In:Compilation of Business Record of national.1931.45～56.全国医药团体总联合会会务汇编，第一次临时代表大会及请愿情形,该会铅印，1931：45～56)。
12月7日，请愿团启程入京请愿，请求撤销阻碍中医药发展的各项政令。全国医药总合于1929年12月领导组织的第二次大规模请愿争取到蒋氏手谕后，各地中医药同业欢欣万分。
三、中央国医馆的成立
中医药界仍未摆脱危机四伏的险境。全国医药总合执委裘吉生、蒋文芳、蔡济平等虑及此情，忧心如焚，认为症结在于当局者对中国医药学内容不甚明了，遂决定具文呈请国府仿国术馆设国医馆。经过多方努力，中央国医馆部冲破重重阻力，终于1931年3月17日宣告成立。国医馆理事会召开全体大会，推选陈立夫为理事长，推举焦易堂为馆长，陈郁、施今墨为副馆长。后陈立夫以政务繁忙迭请辞职，7月21日常务理事会议决定准其所请，由彭养光代理理事长之职。该馆成立之初，即延聘施今墨等学术整理委员，其任务是负责起草、制定中医药学校整理工作计划及中医药学术标准等。
四、中医药抗争运动的历史意义
中医药的抗争运动对近代中国医药界的盲目西化思潮起到了批判作用。从这一点来讲，近代中医抗争运动具有弘扬中国传统文化的重要意义。应当首先认识到，近代中国吸收西方文化完全是被迫的，是与近代中国的严重的民族危机联系在一起的，其前提是帝国主义把持着中国的命脉。民族虚无主义思潮的泛滥也是对这种历史环境的一种反应。文化运动中，更有人提出要“剿灭”中国文化，废除汉文，对中国传统文化全盘否定，便是这种反应的显例。中医药学是中国传统文化的一个重要组成部分。因而，中医药界兴起的旨在保存中医药学，反对废止的抗争运动，无疑具有反对民族虚无主义的意义，并对纠正全盘否定中国传统文化的错误倾向起了一定的积极作用，同时，也有效地抵制了帝国主义的医药文化侵略。
近代中医药抗争运动从爆发时起，便己超出了医学学术的范围。近代中国，帝国主义列强通过借款给中国政府并在中国开设银行，垄断了中的金融和财政。因此，他们不但在商品竞争方面压倒了中国的民族资本主义，而且在金融财政上扼住了中国的咽喉。北洋政府和南京政府都在实质上成为帝国主义国家在中国的代言人。他们也在制定法令、政策时看主子的脸色行事。提倡中医药学显然不利于各帝国主义国家的医药产品垄断国市场，因而帝国主义国家都拼命扩大各自的势力范围，通过开办医校、医院实施经济和文化侵略。近代中国的中医药从业人员数以十万计，遍及全国各地。中药材和成药的销售额，每年数以亿元计，在经济生活中占有重要地位。中医若废，全国中医药从业人员包括中医师、药商、药工、药农便失去生计，政府也失去大笔利税收入。同时，由于国产西药无法满足需要，只能大量依赖进口，增加贸易逆差，给中国经济带来沉重的负担。中医药界有识之士对此有着清醒的认识，早在1929年即提出“提倡中药以防经济侵略”，所以说，近代中医药抗争运动具有抵御列强对中国经济、文化侵略的深远意义。
综上所述，近代中医抗争运动，无论从保存中国传统文化遗产，反对民族虚无主义方面而言，抑或从抵制帝国主义经济、文化侵略方面而言，都具有非常重要的意义。由此可见，中医药学能在近代中国得以生存发展，正是这场历时数十年的抗争运动努力的结果。