急性肾炎早期易与下列疾病相混淆，应引起注意。
(1)发热性蛋白尿 可出现在任何发热性疾病。在发热期间尿中可查出蛋白和管型，但红细胞很少，亦无水肿和高血压 高血压。热退后，尿异常迅速恢复。
(2)感染期尿异常 任何原因引起感染时，如细菌、病毒，尤其是乙型溶血性链球菌感染期间，约有1／3病人可出现轻度镜下血尿、少量尿蛋白和管型，但无水肿和高血压，当感染控制后，尿检查即恢复正常。
(3)局灶性肾小球肾炎 一般发生在感染期间(急性肾炎则发生在感染后2周左右)；局灶性肾炎以血尿为主，蛋白尿很轻；感染治愈后，病人尿检查恢复正常，预后好。与轻型急性肾炎仅有尿变化，而无水肿和高血压相似。
(4)运动后尿异常 剧烈运动(如长跑、游泳、急行军……)或过度劳累后，在数小时内即可出现尿异常—血尿、蛋白尿以至管型尿，但休息1—2天后(最迟少于7天)即恢复正常。在发生尿异常的同时无水肿及高血压(个别人可有暂时高血压)。
(5)狼疮性肾炎 系统性红斑狼疮引起的肾损害，有时表现类似急性肾炎，常伴有皮疹、脱发、光过敏、关节痛及心、肝、肺、脑和其他器官的病变，并多有发热、白细胞降低，化验抗SM抗体或DNA抗体及抗核抗体阳性。
(6)妊娠毒血症 多发生于妊娠中晚期，患者出现水肿、高血压、蛋白尿和管型尿，严重者可发生高血压脑病，尤以妊娠最后二个月时症状更明显。但缺乏血尿是其主要特征，且肾功能大多正常，眼底可见视网膜动脉痉挛、出血、渗出等变化，产后绝大多数病人可恢复正常。
(7)原发性肾病综合征 急性肾炎伴有肾病综合征表现者易与肾病相混淆。后者以大量蛋白尿(≥3．5克／日)及低蛋白血症为特征，无血尿，前者有血尿，多无低蛋白血症，鉴别要点为肾病理检查，前者为弥漫性毛细血管内增生性肾炎，后者可呈微小病变或其他慢性肾小球损害的病理改变。
(8)急性肾孟肾炎 急性肾炎若发生尿道、膀胱粘膜及肾脏充血水肿可引起膀胱刺激症状，出现类似急性肾盂肾炎。但肾盂肾炎有发热、血尿、白细胞均增多，尿细菌培养阳性、对抗生素治疗有效，且无明显水肿、高血压等表现，尿中也无红细胞管型。
急性肾盂肾炎尚易与慢性肾炎急性发作相混淆。