污染
人工的食品，尤其是放于奶瓶中时，常受到细菌污染，可能在奶水闻起来发酸前，就对婴儿有害了，奶瓶很难清洗，而且必须每次消毒，细菌在人工食品内，尤其是在温暖奶瓶中，繁殖非常快。
感染
人工食品不含抗感染因子，人工喂养的婴儿，即使是吃干净的食品，仍比较容易有腹泻或其它感染。
持续腹泻
人工喂养的婴儿，比较容易腹泻超过两周以上，持续性的腹泻比较难治疗，并可造成严重的营养不良，有时必须停止人工喂食，才能治疗此情形。
人工喂养的婴儿比较容易生病缺乏维生素
牛奶没有足够的维生素，尤其是维C，(配方奶已经添加维生素)
缺乏铁
牛奶中的铁不好吸收，会造成婴儿缺铁性贫血。配方奶中有添加铁以预防铁不够，但添加铁则增加婴儿感染的危险性。
奶瓶喂食可造成营养不良
太多盐
牛奶含太多盐，有时可能造成婴儿高血压及抽搐。
太多钙和磷
可造成手足抽搐及强直。(婴儿配方奶中的电解质已做适当调配)。
不适当的脂肪
牛奶含较多的饱合脂肪酸，婴儿要健康地生长需要较多的不饱和脂肪酸。
反而，牛奶却缺乏足够的必需脂肪酸，没有足够的胆固醇供正在成长的脑部使用(婴儿配方奶中虽有添加一些不饱和脂肪酸，但其长链不饱和脂肪酸的分布比例不均，且不含胆固醇。
不适当的蛋白质
牛奶含太多的酪蛋白，且所含的胺基酸组成不适合婴儿，不易为婴儿不成熟的肾脏排出，胱胺酸及胺基乙黄酸含量较少(婴儿配方奶中已有添加)。
不易消化
牛奶不易消化，不含分解脂肪酵素，同时，酪蛋白会形成乳凝块。由于它不易消化，在胃停留的时间比较长，所以婴儿隔较久时间才感觉饿，婴儿的大便较稠而硬，可能造成便秘。
过敏
早期吃牛奶的婴儿比较会有过敏问题，如气喘、湿疹及牛奶不耐症。
肥胖
以奶瓶喂食配方奶的婴儿容易因为吸吮需求未满足，而过度饮食，增加肾负荷及肥胖的机会。
吸奶问题
吃过奶瓶的婴儿可能不会吸乳房，而产生拒绝乳房。几次奶瓶的喂食，就可能造成哺乳失败.
花费昂贵
贫穷的母亲可能无法买足够的配方奶给婴儿吃，她们可能喂太少餐，或在奶瓶中放太少奶粉，她们可能以杂类食物稀释做替代品，所以瓶喂的婴儿常见有严重的营养不良。