中草药的种类繁多，如何分门别类大有讲究，其方法是根据人们对于药物认识的逐渐深化而不断改变的。
《神农本草经》中按照毒性强弱、用药目的不同分成上、中、下三品。
《本草经集注》把药物分为玉石、草、木、果菜、米食等六类，每类又分上、中、下三品，这是根据药物自然属性进行分类的开端。
《本草纲目》分类方法有重大的发展，明代李时珍把以前本草的分类方法略加修改，将药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等16部，同时又把各部的药物按照其生态及性质分为60类。
现代的药物分类方法则有所不同。主要有：
按药物功能分类
如解毒药、清热药、理气药、活血化瘀药等。有利于学习和研究中草药的作用和用途。
按药用部分分类
如根类、叶类、花类、皮类等。便于学习和比较各类药材的外部形态和内部构造，因而有利于药材的性状鉴定和显微鉴定。
按有效成分分类
如含生物碱的中草药、含挥发油的中草药、含甙类的中草药等。有利于学习和研究中草药的有效成分及其化学鉴定。
按自然属性和亲缘关系分类
先把中草药分为植物药、动物药和矿物药。动植物药材再根据其原植物、动物的亲缘关系来分类和排列次序。
如麻黄科、木兰科、毛茛科等。