亚急性硬化性全脑炎起病隐匿、病程呈亚急性进行性发展。根据病情演变的特点大致可分为4期。
亚急性硬化性全脑炎是一种慢病毒感染，所以有些孩子在2岁以前得了麻疹，可以在5-8年以后发病，最短的孩子可以在麻疹感染以后１个月发病，最长的可以在27年以后发病。而目前因为预防接种的普及，使麻疹的患病率下降，但是学者们又发现接种麻疹疫苗也可以使孩子患上亚急性硬化性全脑炎，接种后最短1个月，最长9年发病。
亚急性硬化性全脑炎最初的症状只是表现出孩子性格的改变及智力水平的下降。家长逐渐会发现孩子出现行为和精神障碍，如表情淡漠、注意力不集中、记忆力减退、学习成绩差以及不合群、易激惹或孤僻少语性格和行为异常等。有时发病早期出现眼部症状、视力减退，以后逐渐成痴呆样，对外界没有反应。几周或几个月以后，孩子的病情明显加重，出现身体不同部位的肌肉的抽动医学称为肌阵挛，同时还可以有其它形式的表现，如舞蹈样的表现、震颤等。一般在1-4个月以后孩子的智力全部丧失，身体也成一种头和双腿向后出现医学上称为角弓反张的样子，严重的孩子发生昏迷。随着时间的推移有的孩子是可从昏迷中醒来，但孩子的脑功能已完全丧失。最后可因各种病原菌的感染而死亡。整个这个疾病过程大约半年到2年。