一般情况下，阴囊受到过冷的刺激，会出现收缩现象，这是正常的，不属睾丸萎缩症。医学上的睾丸萎缩，是指睾丸原先是正常的，后出于某种原因，才逐步萎缩变小。其原因大致有以下几种：
病毒感染病毒感染是诱发儿童与青少年睾丸萎缩最为常见的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒，俗称“痄腮”病。当睾丸受此病毒侵袭后，睾丸内的生精组织会受到破坏，睾丸体积缩小，质地变软。
损伤阴囊或睾丸部位发生过撞击性损伤，造成阴囊血肿或睾丸裂伤等，即使创伤愈合，睾丸也会长期处于供血不充裕状态，发生萎缩。
炎症重度睾丸炎，发病时睾丸肿胀、疼痛，可以持续多日。由于细菌侵犯而造成睾丸组织破坏，导致睾丸组织发生萎缩。
放射性物质影响凡是较长时间接触放射性物质者，例如长期从事X线、同位素等职业人员，如未作很好保护，会引起睾丸萎缩症。
内分泌疾病睾丸是一种内分泌器官，主要产生雄激素，而身体上许多指挥内分泌的器官，如脑垂体、肾上腺、丘脑下部等出现疾病，都会干扰睾丸的功能，引起睾丸萎缩。
药物影响长期服用某些有毒性药物，例如砷剂，或者反复使用对抗雄激素的雌激素类药物，例如乙芪酚等，都会引起睾丸萎缩。