沙眼衣原体是一种微生物，目前发现它有15个血清型，不同的血清型能引起不同的疾病。其中A、B、Ba及C型的衣原体株能引起沙眼，L1、L2、L3型能引起性病性淋巴肉芽肿，D～K型则引起非淋菌性尿道炎。沙眼衣原体是引起非淋菌性尿道炎的主要病原体，由前述可知，非淋菌性尿道炎的40%～50%是由沙眼衣原体感染引起的。沙眼衣原体感染目前已是西方国家最常见的性传播疾病之一，发病人数增加很快，已超过淋病。在我国，沙眼衣原体感染的患病人数也在迅速增加。
沙眼衣原体的患病人群以青壮年为主。感染后，潜伏期为数天到数月，一般是1～3周。感染沙眼衣原体后妇女最常见的是引起化脓性宫颈炎，出现脓性白带增多，可伴有外阴瘙痒。如果引起尿道炎时，约一半病人出现尿急、尿频和排尿困难，与淋病性尿道炎不同的是，沙眼衣原体引起的尿道炎无尿痛症状，或尿痛很轻微，可有少量的尿道分泌物。如果巴氏腺被感染，还能引起巴氏腺炎。一般而言，女性患者多数症状很轻，或者没有自觉症状，因此常被忽略，容易造成本病的传播。
妇科检查可见宫颈充血、肥大，有粘液脓性分泌物。由于沙眼衣原体感染常与淋病合并存在，且症状相似，因此临床上要与淋病相鉴别。常规取宫颈分泌物或尿道分泌物涂片，经革兰氏染色，如果未见到细胞内(外)革兰氏阴性双球菌，淋病双球菌培养也为阴性，就可以排除淋病感染。
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目前实验室检查衣原体的方法有：衣原体细胞培养法、衣原体细胞学检查法以及衣原体酶免疫检查法。其中以衣原体细胞培养法最敏感、最可靠。检查取材时需将宫颈口分泌物拭净，然后将拭子或细胞刷伸入宫颈管内1～15厘米，放置1～2分钟并转动，作宫颈管内细胞取材。
沙眼衣原体除能引起化脓性宫颈炎、阴道炎、尿道炎外，还能经生殖道上行感染，有可能引起急、慢性输卵管炎，子宫内膜炎等盆腔炎症。治疗沙眼衣原体感染多采用口服抗生素，可选用强力霉素每次100毫克，每日服2次，首次剂量加倍，连续服7天；或红霉素每次0.5克，每日4次，连服7天；或美满霉素每次口服100毫克，每日2次，连服10天。孕妇用药可选红霉素，服药剂量、方法同前。
感染沙眼衣原体后在生活中要明确两点，既要积极治疗，又不要再将病原体传染别人。
(1)积极治疗是患者首先要重视的。由于服药方便，服药疗程亦不很长，因此患者只要予以重视即能完成治疗。患者的配偶应该同时参加检查和治疗。治疗后需要复查以确认是否痊愈。
(2)患病期间禁止性生活，直到痊愈为止。
(3)平时注意个人卫生：外阴部保持清洁干燥，每日换洗内裤。由于沙眼衣原体不耐高温，所用手巾、内裤可以煮沸消毒。个人的盆具个人使用，浴盆洗后及时消毒，不乱用别人的物品，以免造成疾病传播。
(4)红霉素可以用于孕妇的沙眼衣原体感染，安全性较好，因此孕妇患者也应该积极治疗，以防感染胎儿。