传统治疗狼疮性肾炎的药物是激素，但近年的临床实践表明，用细胞毒药物治疗为主，特别是用环磷酰胺作间歇冲击疗法较单纯用激素者疗效好得多。因此，治疗狼疮性肾炎主要是环磷酰胺加激素，而不是单纯用激素。
(1)激素：一般用强的松，首始治疗阶段，成人为1mg/kg，每日晨顿服，直至8周后开始减量，每周减5mg，至小剂量时(隔日晨1mg/kg)改为隔日晨顿服，按具体情况持续治疗一段时间，疗效较理想后继续减量，直至维持量(隔日晨0.4mg/kg)。有人认为，狼疮性肾炎病人应终生服用激素，一般用量为强的松隔日晨服10～20mg。值得注意的是，激素的首始剂量一定要足，剂量不足(＜30mg/d)则常无效，肾小球病损会继续进展，变为纤维化而导致不可逆性肾衰。
病情特别严重或暴发型者，高热达40℃，出现 广泛皮疹和紫癜、大量蛋白尿时，亦可用超大剂量激素冲击疗法。若无条件使用甲基强的松龙，采用地塞米松150mg/d代替，效果亦良好。
(2)环磷酰胺：能抑制狼疮性肾炎的活动性，稳定其病程，减少激素用量，而且抑制特异性抗体产生的效应特别好，对消除狼疮性肾炎的非特异性炎症和T淋巴细胞介导的免疫亦有良效。研究表明，环磷酰胺冲击疗法较持续用药疗效更好且副作用更少。国外多采用环磷酰胺每次0.75～1.0g/m2体表面积，静脉滴注，每1～3个月冲击1次，同时口服小剂量强的松。国内改进的环磷酰胺冲击疗法，请参照前述相关内容。