绝大多数小儿急性肾小球肾炎的病程经过及预后较好。一般水肿、高血压最先恢复（约1-2周），肉眼血尿也随之消失；镜下血尿及微量蛋白尿虽可持续数周或数月，但绝大多数患儿6个月-1年内临床症状消失，实验室检查指标恢复正常，少数可迁延1-3年，其中多数仍可恢复正常；只有极个别病例可因急性期发生严重并发症而死亡。死亡的主要原因是急性肾功能衰竭。
关于急性肾炎的长期预后问题，总的来说，绝大多数患儿6个月至1年内治愈。但在判断小儿急性肾小球肾炎预后时，要考虑以下几个因素：
一、年龄：小儿期急性肾炎预后较成人为佳，他们恢复快，痊愈率高。
二、发病情况：一般认为链球菌感染流行时发生的病例较散在发生者为佳。
三、急性期表现：急性期症状和实验室检查类似肾病综合症者（浮肿严重、尿蛋白+++以上及血清胆固醇增高）、高血压持续3个月以上者，以及肌酐清除率明显下降者，转入慢性肾炎的机会较多。
四、病理改变：经肾脏穿刺活体检查病理改变是判断预后的可靠依据。如有严重的上皮细胞增殖，或严重而持久的内皮细胞增殖，以及后来转入硬化性改变者预后较差；急性期系膜增生轻微及具有典型“驼峰”样改变者预后较好。