卫生部强调，医院收治非典型肺炎病人时，必须采取严格的隔离防护措施。
结合前阶段的防治经验，卫生部日前制定医院消毒隔离工作指南（试行），要求全体医护人员要提高认识，特别是急诊、门诊工作人员，要掌握非典型肺炎的临床特征、诊断标准、治疗原则和防护措施，及时发现病人，避免漏诊、误诊。
同时，医院应设立相对独立的发热病人诊室，诊室应通风良好。
坚持首诊负责制，一旦发现非典型肺炎疑似病人，应立即收治到专门的留观室，专门留观室须与其他留观室隔离。无特殊原因，非典型肺炎病人或疑似病人应转到指定医院进行治疗。定点医院专门病房由感染（传染）科、呼吸科和ＩＣＵ医护人员组成的联合救治小组管理。
医院要重视消毒隔离工作，各部门要密切协作，确保消毒隔离措施落实到位。要定期做好消毒监测，保证消毒效果。
综合做好预防院内感染发生的各项措施，医务人员要增强体质，注意劳逸结合，避免过度劳累，提高抵抗疾病的能力。
其他普通病区要注意环境卫生、通风换气，做好消毒、清洁工作。