中成药牛黄解毒丸具有清热解毒的功效，但使用不当常会产生过敏性药疹、腹泻、上消化道出血、血小板减少、过敏性休克等不良反应。
牛黄解毒丸的毒副作用主要源于它其中所含的雄黄。雄黄的主要成分为硫化砷，约含砷7.5％，硫24.9％。由于硫化砷遇热易分解成有毒的三氧化二砷，因此，可引起脊髓中枢和周围神经炎、胃肠炎、肝损害、皮疹等症状。
使用牛黄解毒丸时应注意，剂量不要过大，成人每天不超过3丸；老人、儿童慎用，孕产妇禁用；服用时间不宜过长。长期使用牛黄解毒丸不仅易改变机体对药物的敏感性，使机体产生依赖性，而且还可以导致中毒等不良反应。同时，牛黄解毒丸不要与西药联用。如果与四环素类抗生素同用，牛黄解毒丸中石膏所含硫酸钙中的钙离子可与四环素类药物分子内的酰胺基和酚羟基结合，形成难以在肠道内吸收的金属络合物四环素钙，从而降低四环素的生物利用度，影响牛黄解毒丸的作用。另外，牛黄解毒丸还不宜与亚铁盐、亚硝酸盐类药物、吗啡、苯巴比妥、洋地黄类药物合用。