为了探索病原起源，广东省疾病预防控制中心对13个报告发现非典的地市级城市进行了首发病例的重点调查，未发现13例首发病例之间相互传播的线索，特别是在最早报告发现非典的7个城市，首发病例均没有明确的同类病例接触史；从13个市追溯到的可能传染源源头，集中在珠江三角洲和香港地区；因早期对非典病例认识不足，出现二代或三代病例较多。
2002年11月16日至2003年4月16日，广东省有13个地市级城市报
告发现非典病例。该中心采用统一的个案调查表，详细调查并分析了13例首发病例流行病学特征，调查了与其密切接触者的情况，并对继发病例情况及各个市的首发病例之间的联系进行了调查分析。结果显示，在13例非典首发病例中，厨师和干部各为3名，农民、退休人员、工人各2例，商业人员1名；男女性别比为1∶0.6，年龄在18～84岁之间，30～50岁年龄组共10人（占77％）；死亡4人。2002年11月至2003年1月期间，7个市报告的首发病例中，6例为本市感染病例，1例怀疑为从广州输入病例，均没有明确的同类病例接触史，其中6例引起二代或三代病例。