降脂药物大量长期使用有一定的不良反应，但研究表明，长时间5年以上应用大体上是安全的。
大多数病人对烟酸及消胆胺多耐受良好。他汀类主要副作用为肝功能异常和肌病，因此需定期(3～6个月)监测肝脏的酶和血清肌酸磷酸激酶(CPK)。但实际上，药物引起肝功能及CPK异常的发生率很低，且一般轻微，停药或减量后一般即恢复。贝特类最常见的不良反应为胃肠道反应，其中有的可致结石，故胆结石或胆囊病者禁忌。
消胆胺与贝特类联用，以及他汀类药物与烟酸合用均属安全有效。贝特类与他汀类合用虽也十分有效，但偶有发生肌病和横纹肌溶解的危险。在必须使用他汀类时，最好选氟代他汀或西立伐他汀，因其代谢酶为双酶系代谢，与其他他汀类药物不同。或者他汀类晚服，而贝特类晨服，隔开时间，避免同时使用时代谢酶P4503A4导致他汀类诱发肌病、肌溶解。Ⅰ型、Ⅴ型高脂血症，甘油三酯(TG)＞11.3毫摩尔/升，需立即加服大剂量贝特类，也可加服鱼油制剂。