随着医疗实践的发展，十五世纪以后，藏医逐渐形成了北方和南方两大派。北方派稍早于南方派，以强巴.南杰查桑为代表，南方派则以舒卡.年姆尼多吉为代表，他们分别总结了北部高寒地区和南部河谷地带的多发病及其治疗的经验，各有特点。
十八世纪以后，著名医学家第玛.旦增平措广泛收集药物标本，编着了《晶珠本草》，收载藏区药名两千余种，对药物的形态、性味及功能等均讲述得十分详细。
公元一九一六年，十三世达赖喇嘛创办了“门孜康”（医算局），广招门徒，教授医药理论，对藏医藏药的发展，起到了积极的推动作用。