蒙医诊断包括问诊、望诊、触诊三种方法，简称三诊。这是蒙医观察和诊断疾病的基本方法。通过三诊得来的临床症状及体证，运用蒙医的理论指导，结合病人的体质、性别、年龄及发病原因等情况，加以综合、分析，从而作出对疾病的诊断。蒙医诊病中，很注意对病人粪、尿等排泄物的观察，从排泄物的色质、性状、气味等情况，判断病变的性质，提供诊断参考。在诊断中，还可能会遇到的“四种误诊”和“五种假象”等复杂情况，这时必须将辨证与辨病相结合，方能作出正确的诊断。
望诊通过医者的视觉诊察患者全身及其有关部位的情况，以了解疾病体征和健康状况的方法。蒙医认为，人体内部的三根、七素以及脏腑发生异常变化，必然会反映到体表。因此，可通过望诊来帮助判定疾病的性质。望诊主要观察患者的精神、面容、体型（蒙医把人的体型分为赫依型、希拉型、巴达干型、合并型、混合型），形体的浮肿或干枯，以及五官、舌质、舌苔、痰液、呕吐物、血色、二便、妇女带下的色泽等；三岁以下的小儿还看指纹、耳纹以辅助诊断。
问诊三诊中较为重要的诊察方法。通过有目的地询问和听取患者及其家属亲友的讲述，了解患者的发病经过和症状进行诊断。问诊内容主要是一般情况、病史、现病证等,着重于探求与辨证施治有关的资料。根据“三根”理论要做到29种问诊。如询问患者的寒热情况，生活习惯,饮食嗜好和对病情有害及有益情况,二便有无异常反映,睡眠及精神状况，妇科经带胎产，出□情况,患病的规律和患病时的季节气候，周围环境的过冷、过热、过湿等情况，以及是否接触传染源等。
触诊医生用手直接接触患者身体的一定部位以探索病情的方法，包括切脉和按诊。①切脉。切脉在蒙医诊断中占有很重要的地位，并为医生所必须具备的技能。分辨三根及寒热，以及脏腑的变化，气血之盛衰等，均以切脉为主。切脉通常是在病人的腕关节掌面桡动脉搏动处进行。将这一段动脉分作三部，称寸部、干部、查嘎部。切脉时患者手臂平伸，掌心向上平放，医生先以食指放在寸部，然后把中指放在干部，无名指放在查嘎部，一般指间以麦粒为隙。切脉时需要用不同指力仔细候测，寸触皮、干按肉、查嘎重按骨。寸、干、查嘎三部分分别诊察不同脏腑的病症，且左右不同。医生右手寸部诊察心脏、小肠，干部诊察脾、胃，查嘎部诊察左肾、精；左手寸部诊察肺、大肠，干部诊察肝、胆，查嘎部诊察右肾、膀胱。如果患者是女性，则医者左手寸部诊察心、小肠，右手寸部诊察肺、大肠，其他均同上。对脉象的特点可以脉位的高低、脉搏的频率、节律、强弱、大小、势态等方面来认识。正常的脉象是一次呼吸(一息)平均脉跳4～5次(相当于每分钟72～80次)，不浮不沉,不大不小,往来均匀,节律一致。但这是相对的,由于人的体型、性别、年龄不同，以及机体内、外环境的影响，可出现一些生理差异。关于临床常见的异常脉象，历代蒙医所积累的经验极为丰富，对脉象的辨认非常细致，可细分为47种脉象，一般以12种脉象为基础，又归纳为寒、热两类，作为临床诊断的一个重要方面。蒙医认为，赫依病之脉象洪而中空，按之即绝；希拉病之脉象细、数而有力；巴达干病之脉象沉、缓而无力。此外，还有绝脉、怪脉，以及对脉象的几种误诊等方面的论述。②按诊。医生用手直接接触按压病人的体表或病变部位的诊察方法。按诊主要用以分辨病证之寒温、润燥、肿胀、疼痛及包块，并观察病人对按压的反应。触按四肢关节诊察有无骨折、脱臼；循脊柱触按可了解有无病理反应等。