敦煌文献遗址中保存有大量医学资料，虽然目前对这些古文献的研究仍然停留在实验室阶段，尚未进行有效的临床开发。但是，敦煌中医药研究作为国际显学敦煌学的重要组成部分，仍受到海外华人、研究者和医学界的关注，那么——— 一九一九年，日本学者小川琢治发表了《中国本草学的起源与神农本草经》一文，首先揭开了敦煌中医药学研究序幕。此后，内地学者陆续加入，完成了对敦煌中医药学研究具有奠基作用的《敦煌中医药全书》，且开始了敦煌中医药学的实验室研究和临床应用开发。
出土大量失传中医经典
敦煌中医药文献是敦煌遗产的重要组成部分，尤为可贵的是敦煌藏经洞出土了一批珍贵的医药学经典。其中以《本草集注》、《新修本草》、《食疗本草》等最为著名。其中《本草集注》是南朝陶弘景所作，它在对《神农本草经》批注同时，对药草种类做了增补，但宋代失传。莫高窟藏经洞则出土了一部几乎完整的《本草集注》。《新修本草》是唐高宗年间，政府组织人员编写的一部医药学大典，图文并茂，共记载有八百多种药物，集我国前此一千多年药物学之大成，堪称我国第一部官颁药典，亦在宋代失传。在日本曾发现该书残本，而敦煌藏经洞则发现其中六个残卷，可弥补日本传本的缺误。《食疗本草》则成书于唐代，共收药物二百多种，以记载动植物营养和药用价值为特点。宋代以后失传。敦煌发现的《食疗本草》虽仅存药物二十六种，却为了解和认识唐代的食疗提供了宝贵的资料。《脉经》为唐初写本。原书已佚，敦煌发现的《脉经》保存了一些诊法、药方、脉学理论，极具研究价值。
此外，敦煌文献还保存有古藏医药文书，同样极为珍贵。
另外，从敦煌壁画中，学者们还发现大量的「形象医学」资料。敦煌医方是敦煌医药学资料的重要组成部分，在敦煌藏经洞出土的五万余卷文书中，截至目前，研究者已发现八十八卷有关中医药的文献，去除重复部分，光手抄医方就有一千○二十四个。
这些隋唐五代时期医学家们留下的经验医方，涉及范围非常广泛，几乎包括了内、外、妇、儿、五官（耳、鼻、喉、眼、口腔）、皮肤等各科疾病。此外还有美容方面的方剂，如面脂、乌发、洗发、香衣方等。经过临床应用，专家们发现，这些医方仍可治病救人，不光有重要的研究价值，并可带来显著的社会效益。
古医方发挥临床作用
长期从事敦煌中医药研究的中华中医药学会中医妇科委员会副主任委员、甘肃省敦煌中医药研究中心主任丛春雨教授说，尽管目前内地仅有甘肃省敦煌中医药研究中心等少数几家单位从事敦煌中医药的研究和开发，但从已经进行的临床应用看，这些有千年历史的古医方，显示出了不错的疗效，特别在妇科疾病、外感热病、心脑血管疾病、传染病的治疗上得到了广泛应用。
兰州菁华苑名老中医诊疗中心就是一个以敦煌中医药为特色的治疗门诊，由于有专门从事敦煌中医药研究的专家坐诊，每天都有许多患者前往就诊。丛春雨教授说，用敦煌医方治病救人，并不是古医方简单的重复再利用，而是汲取其中的医药思维和精华，结合现代中医药理论和药物进行综合诊断和治疗。
他又说，从这些医方本身可以看出，远在隋唐五代时期，中国古人在药物剂型使用和用药种类上就已非常多样化，在民间，中医药已经在临床各科中得到广泛应用，特别是敦煌保存的《辅行诀脏腑用药法要》，时至今日，仍有极高的研究价值和广阔的应用前景。