引起精子输送通道梗阻的原因有以下几个方面：
（1）先天性畸形
多见的畸形是单侧或两侧输精管缺如或闭锁，亦有附睾缺如者，单纯附睾缺如较少见了。
（2）炎症
男性生殖系统的急、慢性炎症都可以引发精子运送通路管腔窄小或堵塞。多见的炎症有附睾、输精管、精阜和前列腺等急、慢性炎症。在慢性炎症中，要尤其注意结核杆菌引发的特异性炎症。其它，还应该警惕由性病引发的生殖系统炎症。
（3）肿瘤
通常为良性肿瘤，如附睾腺瘤样肿瘤、平滑肌瘤和囊肿、精索腺瘤样肿瘤、脂肪瘤、纤维瘤和囊肿、前列腺良性增生等。也有恶性肿瘤，如睾丸精原细胞瘤、胚胎癌、畸胎癌、前列腺癌、阴茎癌等。以上肿瘤有些源自精子运送通路自身，有些源自精子输送通路周边器官，都可导致通路管腔内堵外压，影响精子经过。
（4）外伤
阴囊或会阴部外伤，可伤害附睾和输精管，引发管腔部分或全部断裂，甚至于愈合的瘢痕亦会影响精子经过。
（5）其他病症
如巨大的腹股沟疝、睾丸扭转等亦可引发精子运送通路梗阻。
