吴佩衡先生得学于郑钦安火神派学术思想，多注重扶人之阳气，擅用附子，长于使用经方，应用附子，胆识过人，对疑难重证、失治、误治之阴寒重症，每以大剂附子力挽沉疴，处方每剂附子辄用60g，重则每剂250-500g。先生的主要著作有《中医病理学》、《伤寒论条解》、《伤寒与瘟疫之分辨》、《麻疹发微》、《吴佩衡医案》、《吴佩衡中药十大主帅古今谈》、《附子的药理及临床应用问题》、《医药简述》、《伤寒论新注》等。他在自己的著作中多次引用郑钦安的学说，在临床实践中，处处发扬郑氏学说，如总结辨别寒热证的十六字要诀：寒证“身重恶寒，目瞑嗜卧，声低息短，少气懒言”；热证“身轻恶热，张目不眠，声音洪亮，口臭气粗。”这些均来源于郑钦安的阴阳辨诀之中，出于一源，可谓是进行简化、深化郑氏的阴阳辨证之法。
与郑钦安一样，吴氏临床擅用四逆辈之类、郑氏创用方及自创用的回阳饮（附子、干姜、炙甘草、肉桂）等方剂。吴佩衡先生精辨寒热、十六字诀，推重阳气、擅用附子，崇尚经方、善用峻药，独步医林，为后世学习火神派的扶阳学术思想留下了重要的学术经验，可谓是当代火神派重要传人、重量级人物之一。吴佩衡从事中医和医学教育60多年，擅长中医内、妇、儿科，学术上多尊重内经、难经、仲景学说。在实践过程中，继承传统医学优秀成果，开创滇省经方学理，对云南中医事业的发展起到促进作用。他强调贵在早治、急治，以免导致病邪传里。伤寒表症初期，他能切实地把握住“太阳”这一关，采用桂枝汤、麻黄汤、麻黄杏仁甘草石膏汤或麻黄附子细辛汤等方剂分别施治，对症下药，一汗而解。他对阳虚阴寒症治疗经验尤为丰富，极为尊崇《伤寒论》“温扶阳气”的治疗法，主张抓住温扶先天心肾阳气这一主要环节，才能获得阳复阴平，克敌制胜效果。尤为可贵的是：对于因附子煎煮不透而发生乌头碱毒性反应的病人，他用煮透的附子水或四逆汤加肉桂予以解救，收到显著效果，此为突破性的创新。
