三省六部制是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。它始于隋朝五省六曹制，确立于隋朝，完善于唐朝，此后一直到清末，六部制基本沿袭未改。三省指中书省、门下省、尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。
在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。各不同时期的统治者做过一些有利于加强君主专制的调整和补充。
而在不同朝代的三省六部当中，主管医药的部门及制度等都是有所不同的。
1.隋代，太医署，隶太常寺，是医学教育和医药机关、太医令是最高官职，丞为之助理，下有主药、医师、药园师、 医博士、助教、按摩博士、祝禁博士，共215人。
高祖时（589～604）仿照北齐制度，在门下省设尚药局，专门负责皇帝的医药，下有典御、侍御医直长、医师等职。
2.唐代，太医署因隋制且有所扩大，令、丞掌医政，府、史辅佐之，医监、医正掌教学，主药、药童司药材加工制剂，药园师适时种植采集药材，师生员共340人。尚药局袭隋制，增设咒禁师及合口脂匠等共96人。门下省另设奚官局，掌宫人及有罪后妃医药。在宫官中又设司药、典药、掌药三个药职及女史，专疗后妃疾病。
3.宋代，太医局，隶太常寺，有丞、教授、九科医生，额300人。熙宁九年（1076）设提举、判局，并规定判局一职要选懂医的人担任。翰林医官院有正副院使、 直院、尚药奉御、医官、医学及□候等百余人。殿中省仍设尚药局，掌皇帝医药。至道三年（997）设御药院，为服务宫廷的医药机关，隶内侍省，近似清代的内药房。神宗时（1076）在京师设卖药所（称熟药所），辨验药材，另设修合药所 2所（炮制药材）。这是官办药局的创始。徽宗时（1114）将卖药所和修合药所改为太平惠民局、和剂局，主要控制全国药品的炮制和买卖，并在各地设药局40处。药局兼医病，作为官办施药便民的医疗、卖药机构。
元时两代承袭此制，通称惠民药局
。
4.明代，药物管理机关：
①御药房，属于内府，洪武六年（1373）置，嘉靖十五年（1536）改为圣济殿，又设御药库诏御医轮值供事。其职责是辨验药材、检定制剂；验收保管各地贡供的药品。
②惠民药局，承袭前制，洪武三年置，地方也有设置，治疗贫病的士兵和平民，但由于管理不善和经费不足，多名存实亡。
5.清代，顺治十年（1653）设御药房、隶太医院，管理药物的采办、贮存和配制。侍值内府设东、西御药房，西药房归院使、院判及御医、吏目，分班轮值，东药房则归御医、吏目及医士，分班轮值。清代无惠民药局的设置，而有地方性的官办社会抚恤机关，如育婴堂、普济堂、养济院等。清末在资本主义民主革命的压力下，政府体制作了革新，民政部内设卫生司，郎中为最高官职、员外郎次之，下有主事、小京官、医官等职。