畲医对疾病有独特的分类法与命名法，将疾病分为寒、风、气、血症和杂症五大类，每类又根据症状分为72种。对疾病的命名或根据病变部位(如长在腹部的疖肿称肚疗，长在项部的疖肿称项虎等)，季节时期不同而命名(如暑痧、寒痧、风痧等)，或仿动物的形态特征(如蛇痧、家痧、兔痧等)，或根据患者病痛发出的声音(如鸭痧、狗痧、蜜蜂痧等)，或根据患者发病时的体征(如反弓痧、羊舌痧等)，或根据患者自觉症状(如穿心痧、蚂蚁痧等)，或根据治疗方法特点而命名，形象通俗，容易记忆，自成体系，富有特色。
畲医用药遵循“寒者热之，热者寒之”的基本法则，药品以植物药为主的自然药物，且鲜品居多，常用单味，也用复方。用药讲求新鲜，过年药一般不用；以原生物为主；少数经过特别的加工炮制，常以鸡、鸭、猪脚、猪肚、猪心肺、猪肉、糯米酒、红刺、红糖或白糖、蜂蜜、童便等佐之，注重以脏补脏，讲究煮药方法，重视服药时间与忌口，用药剂量都比较大，常用畲药有300多种。
畲医注重养生之道，认为动者不衰，乐则长寿，修身养性，听天由命，“竹子树木日晒雨淋长得快，镰革(镰刀)常磨勤使才会利”，这与“流水不腐，户枢不蠹”一脉相承，因而通过图腾信仰的各种祭祀活动和传统的民族节日，以千姿百态的畲族民间音乐舞蹈，独树一帜的畲家武术，妙趣横生的民族游戏等加以表现，使舍民乐而忘忧，娱以解乏，身体强壮，“邪不胜正，病邪贼风也无法为害”，以期达到强身健体，益寿延年，体现畲族别具一格的养身之道。