1、易生虫药材
对易生虫的药材，在保管过程中除了要勤检查以外，还必须从杜绝害虫来源、控制其传播途径、消除繁殖条件等方面着手才能有效地保证其不受虫害。因此，贮存如党参、款冬花、薏苡仁、乌蛇等类药材要选择干燥通风的库房。库内地面潮湿的应加强通风，并可在地面上铺放生石灰、炉灰、木炭等，底垫木高40cm以上，垫木上最好铺上木板、芦席或油毡纸等以隔潮。另外，对不同药材可以采取密封、冷藏、熏蒸等适当的养护措施，以保证药材不遭虫蛀。
2、易走油发霉药材
药材走油发霉会影响药效，特别是发霉严重的将会完全失去疗效。药材发霉是指在药材上寄生和繁殖了霉菌，称为“霉变”。对牛膝、天冬、白术等类药材的保管最忌闷热，保管不善就会走油或霉变，应置于通风干燥处，严防潮湿。
3、易变色及散失气味药材
部分花、叶、全草及果实种子类药材，如莲须、丁香等，由于所含酌色素、叶绿素及挥发油等受温度、湿度、空气、阳光等的影响，易失去原有的色泽和气味。在贮存保管中应根据药材的不同性质以及具体条件，进行妥善养护。贮存场所要干燥阴凉，严格控制库的温、湿度。贮存时间不宜过长，并要做到先进先出。最好单独堆放，以免与其他有特殊气味的药材串味。