蒙医方剂多为复方，由多味药物配伍组成，具有综合治疗功能，并能调和自身的毒性，减少不良反应。蒙医配方时，将药味、药物功能和药味转化，与病症寒热、轻重、病患部位、患者年龄、性别相结合进行配伍。
配方主要遵循以下三个原则：
依照药味配方原则：依药味显效，主要调理三邪之相对平衡，即医治全身性基症，所组成的方称依味方。如四味地格达汤，由肋柱花、苦参、制波棱瓜子、沙蓬四味苦味药组成，该方功能为降协日，清热毒、镇痛，为治疗协日热的专用汤剂。
依照药物功能配方原则：依照药物功能显效，主要医治五脏六腑及机体各个器官等局部疾患，所组成的方叫依功方。现在所用的药方多数是依功方，如八贵散清热降火，用于各种脏腑热和协日血相搏引起的热性疾病。
依照药味转化原理配方原则：依照药味转化三味呈动态显效，在两种症兼有或多种症候淤积时，可分别镇治。故多用于兼症的治疗。目前临床运用不多。
蒙医传统的药方由君药、臣药、佐药、使药所组成，其中君药起主导作用，直接针对主证和病患部位；臣药协同君药医治主症并负责次要症状，以增强疗效；佐药协同君臣药医治兼症或随症；使药在药方组员内部进行调和。蒙医对药方各味药量比例无明确规定，主要根据病情而定，习惯上将君药的量突出一点，其它一般等量为宜。