10月25、26日，全国31个考区的352个考点同时举行了医师资格综合笔试，有311377名考生参加考试，其中报考执业医师的121567人，报考执业助理医师的189810人，分别在临床、口腔、公共卫生、中医、中西医结合、藏医、蒙医、维医等23个类别参加考试。至10月26日16时，全国医师资格综合笔试顺利结束。
由于非典疫情影响，2003年医师资格实践技能考试和综合笔试分别推迟到8月和10月进行。全国医师资格实践技能考试在8月中、下旬全部完成，通过考试的考生参加综合笔试。今年实践技能考试首次由国家医学考试中心和国家中医药管理局中医师资格认证中心统一命制试题，分站测试，部分内容使用计算机考试，着重考察考生在诊疗、公共卫生等实际工作中应具备的基本技能。
为提高考生对传染病防治卫生法规知识的了解，今年医师资格考试增加了《传染病防治法实施办法》、《医院感染管理规范》、《突发公共卫生事件应急条例》、《传染性非典型肺炎防治管理办法》、《医疗废物管理条例》等有关卫生法规试题。在今年医师资格考试中还增加了医德医风方面的测试内容。
10月25日上午，卫生部医师资格考试委员会副主任委员、卫生部副部长朱庆生到北京考区首都医科大学考点巡考。