从上述的临床症状我们已经知到，亚急性硬化性全脑炎发病缓慢，呈亚急性或慢性经过，发病初期症状缓慢，逐渐出现智力降低，性格改变，记忆力减退，沉默寡言或言语不清，易感情用事等症状。经过数周或数月，病情进展到后期，则呈现昏迷、肌紧张加剧，大都表现为痴呆，大脑机能完全丧失，甚至走向死亡。本病90%的病人在半年至3年内死亡。存活下来的患儿也都有严重的智力低下，生活不能自理。到目前为止还没有药物能扭转患儿的不良预后。但极少数也有自然康复者。
因为麻疹病毒已经在脑细胞中生存多年，感染的麻疹病毒可能在体内增殖过程中发生变异或感染的是有缺陷的病毒，这种情况下病毒很难被被清除，而且感染的麻疹病毒从细胞到细胞传播的阶段，血清中的抗体水平往往不能抑制病毒的繁殖，这就给治疗带来很的的困难。目前对本病还没有很好的治疗方法。医务工作者对患者可以采取一定的治疗手段如：维持患儿体内所必须的营养，用抗生素预防感染，使用抗惊厥的药物等等。干扰素或转移因子等药物正在试用之中。