卫生部等部门在９日发布的《全国重点地方病防治规划（２００４～２０１０年）》中规定，地方病治疗应以人为本、因地制宜地采取措施，尽可能减轻患者病痛，恢复其劳动能力，提高其生活质量。
针对不同地方病的不同患病程度，其具体治疗措施也不同：
对巨块型地方性甲状腺肿的患者，要通过外科手术切除肿块等方法治疗；对严重缺碘的孕产妇等特需人群，要在医生的指导下，采取在一定时期内酌情服用碘制剂补碘的方法防治；对严重缺乏碘导致的地方性克汀病患者，要用药物进行替代治疗并进行生活、劳动功能训练。
对氟骨症患者，要以药物缓解临床症状为主，也可以试用抗氧化剂或中草药、中成药治疗；对地方性砷中毒患者，要以对症治疗为主，在个别病区可探索生物制剂治疗，并对发生癌变的患者进行抗癌治疗。
对大骨节病患者，也要以对症药物缓解临床症状为主进行治疗，部分病区可对一些患者实施手术治疗。
对急型克山病患者，要以抗心源性休克、抗心律紊乱及急性心力衰竭为主，积极进行抢救；对在相对稳定期内的慢型克山病患者，要用抗心衰药维持治疗，并加强心脏功能状况的监测。