板蓝根为重要的抗病毒中药，每当有病毒性疾病流行时，板蓝根就会成为紧俏、抢手中药。近期有不少地方用南板蓝根直接代替板蓝根入药，这是不妥的。因为二者在来源、成分和药理作用等方面是有区别的。
来源不同 板蓝根（北板蓝根）为十字根花科植物菘蓝的干燥根。南板蓝根为爵床科植物马蓝的干燥根。
性状不同 板蓝根呈圆柱形，气微，味微甜后苦涩。南板蓝根近圆柱形，常弯曲不直，气微，味淡。
功能、主治相似，用量不同 板蓝根清热解毒、凉备利咽，常用于温毒发斑、舌绛、痄腮、烂喉丹痧、丹毒、痈肿等。用量9~15克，水煎服。南板蓝根功能与板蓝根相似，常用量10~30克。
成分不同 测定结果表明，板蓝根中游离氨基酸要比南板蓝根中的含量多。而且两者还有多种完全不同的化学成分。
药理作用不同 板蓝根注射液对甲型流感病毒、乙型脑炎病毒、腮腺炎病毒、流感病毒有抑制感染作用。从解热、抗炎试验结果比较，板蓝根的作用优于南板蓝根。