2003年初，一场史无前例的瘟疫SARS突然袭卷我国，从广州开始北上，一直蔓延至全国多个省市。中医药参与了抗SARS的这场“难忘的战斗”，这不仅是对中医药的一次挑战，也是中医药在现代生存发展环境中“争夺话语权”的一次绝好机会。事实胜于雄辩，中医药没有辜负中国人的期望，再一次用铁的事实证明了中医药的伟大性和科学性，也改变了很多人认为中医药只能治疗慢性病、不能治疗急重症和不能参与重大疫情控制的看法。为了让中国人深刻地感受到中医药在这一艰难时刻“爆发”出来的“神力”，也为了大家能够永远记住这一令中国人自豪的历史瞬间。2003年1月7日，广东省中医院急诊室收治了第1例非典型肺炎。该院按照常规采用了中医药治疗。到4月份时，该院收治的112例患者已大部分痊愈出院。邓铁涛、焦树德、路志正、任继学、颜德馨、周仲瑛、晁恩祥等一批全国著名的中医药专家对广东的中医药治疗非典方案进行了咨询、指导。世界卫生组织专家詹姆斯博士于4月7日上午对广东省中医院一分院进行考察，详细了解该院在防治非典型肺炎方面所做的工作，对该院所取得的成绩表示首肯与赞扬，并认为中医治疗非典的经验很重要。
2003年4月中旬，卫生部非典防治领导小组发出通知，向全国推荐由国家中医药管理局组织有关专家制定的《非典型肺炎中医药防治技术方案（试行）》。通知指出，广东省防治非典型肺炎的实践表明，采取中西医结合的防治方法优于单纯的西医方法。中医药医疗价值引起香港医学界重视。香港医院管理局借鉴内地抗非典经验，开始全面向医护人员提供中药冲剂，以减低医务人员在一线工作时的感染率。与此同时，香港医管局正通过特区政府请求中央政府委派内地中医中药专家到港，协助香港研究如何结合中医药防治非典型肺炎。2003年5月3日，应香港医管局的邀请，广东省中医院呼吸内科主任林琳副教授和中医内科专家杨志敏副教授前往香港，与香港中西医专家共同研究中西医结合治疗非典型肺炎，提高临床疗效的方法。2003年5月8日，中共中央政治局委员、国务院副总理兼卫生部部长、全国防治非典型肺炎指挥部总指挥吴仪与在京的16位知名中医药专家进行座谈。吴仪强调，中医是抗击非典型肺炎的一支重要力量，要充分认识中医药的科学价值，积极利用中医药资源，发挥广大中医药医务人员的作用，中西医结合，共同完成防治非典型肺炎的使命。2003年5月15日，来自北京中医药大学东方医院的两名中医专家唐启盛和郝瑞福正式进驻中国人民解放军小汤山医院，他们是进入隔离区内的首批地方医务人员。自此，该院非典患者开始接受中医药治疗。为了使小汤山医院病人得到比较系统完善的中医药治疗，缩短疗程，提高治愈率，经国家中医药管理局和总后卫生部批准，北京中医药大学东方医院成为小汤山医院开展中医药治疗工作的定点支援医院。东方医院免费提供治疗SARS所需的中药制剂和中成药，负责制订中医药治疗SARS临床方案，选派专家进入一线参与对SARS病人的中医药诊疗工作，并培训指导小汤山医院医务人员进行中医药治疗SARS临床观察，负责对临床治疗资料进行分析和总结。同时，组建了小汤山医院中医药治疗协调组和专家指导组，负责组织协调和技术指导。孙塑伦司长担任协调组组长，林谦副院长担任专家组组长。2003年6月初，有关方面披露，自中医专家进驻中国人民解放军小汤山医院以来，中西医结合治疗方案在该院顺利实施并推广。全院有8个病区的患者全部服用中药汤剂，有384名患者接受中西医结合治疗，超过全院病人的60％，接受中西医结合治疗的患者已覆盖全院18个病区。中日友好医院仝小林教授主持的课题组对该院收治的16例新发病的SARS病人进行了单纯中医中药治疗观察，结果显示：中药在SARS治疗中不仅有退热快、不反复、有效缓解症状的特点，而且中医药早期干预在这一疾病的发展中对减轻肺损害程度有一定作用。单纯中医中药治疗期间，无一例病情发生恶化。在东盟和中日韩非典防治国际研讨会上，卫生部常务副部长高强在总结中国防治非典的经验时指出，中医药已成为救治非典患者的一支重要力量，其科学价值正得到充分体现。实践证明，积极利用中医药资源，实行中西医结合，在非典防治工作中发挥了重要作用。2003年6月中旬，世界卫生组织代表马克索尔特肯定了中医药用于治疗疾病的功效，并认为今后中医药一定能更广泛地被用于治疗疾病，国际医疗研究机构正密切研究中医药的疗效。他说，未来中医药将更多地被正式用作与西医药结合，以发挥两种药物的互补性。2003年6月25日，在国务院新闻办公室举行的记者招待会上，全国防治非典型肺炎指挥部科技攻关组副组长、中国科学院副院长陈竺在回答记者的提问时说，中医治疗在SARS整体治疗方案中起到了非常积极的作用，起到了重要的支持和协同作用。中西医结合是这次SARS防治工作的特点之一，也是优点之一。
2003年7月2日，国家中医药管理局主办的全国中医药防治SARS学术研讨会在北京召开。佘靖在致词中指出，SARS疫情不但考验了中医药，而且为推进中医药现代化的发展提供了良好机遇。科学的中医理论指导，前瞻的临床观察设计，系统的现代中药筛选，提高了防治SARS的临床疗效，缩短了SARS的病程，降低了SARS临床病死率，同时让世界进一步了解、认识了中医药，为中医药现代化、中医药走向世界奠定了基础。2003年10月8日，由世界卫生组织（WHO）和国家中医药管理局联合主办的“中医、中西医结合治疗SARS国际研讨会”在京开幕。世界卫生组织基本药物和药物政策司传统医学负责人张小瑞、传染病监测反应部全球预警反应“SARS”临床医学官员西蒙马代尔、中国国家中医药管理局副局长李振吉等出席了新闻发布会。WHO驻华代表DrHenk Bekedam说，传统医学作为在全球医疗体系中一种非常有价值的研究领域一直为WHO所认可，中国将传统医学整合融入到中国医疗体系的做法，可以作为其他国家效仿的模板。与会专家一致认为中西医结合治疗SARS是安全的，其潜在效益主要体现在：减轻SARS病人的乏力、气短、呼吸急促等临床症状；可促进肺部炎症吸收；减低血氧饱和度（SaO2）低下的风险，使异常波动的SaO2趋于稳定；促进外周血淋巴细胞的恢复、提高T细胞亚群的水平；减少糖皮质激素和抗病毒药的用量及其不良反应；减少谷丙转氨酶（ALT）、乳酸脱氢酶（LDH）和尿素氮（BUN）异常发生率，显示中西医结合治疗SARS是安全的；单纯的中医治疗组治疗费用较单纯西医治疗组低。