一、认识
传染病，是由某种特殊病原体（如病毒、细菌等）引起，具有传染性的一类疾病。
历史上，由于瘟疫传染病的不断发生和流行，中医学在反复医疗实践和学术争鸣中不断认识其病源。1.认为“瘟疫”与“伤寒”、“温病”同是外感病，病因“时行不正之气”、发病与人体正气强弱有关。2.认为瘟疫的病源异于伤寒、温病，另有一类特殊病源“异气”、“病气”、“尸气”。认为瘟疫有特殊病源体，传入人体主要的门户是口鼻，并特异性侵入有关组织器官。《寓意草》“四时有不正之气，感之而致病者，初不名为疫也，因病致死，病气、尸气，混合不正之气，斯为疫矣。一室连床，沿门阖境，共酿之气，尸虫载道，必然之势”（构成瘟疫流行条件）。《医学心悟论疫》“疫之症，来路两条，有在天者，有在人者。非其时而有其气，自人受之，或为大头天行之类，斯在天之疫也；若夫一人之病，染及一室，一室之病，染及一方，一方之病，染及合邑，此乃病气、秽气相传染，其气息俱从口鼻而入，乃在人之疫以气相感，与天无涉”（前一时期“非典”的传染性，似乎证实这一论述），指出瘟疫有其特殊病源，和传播途径。
二、防疫措施
中医药历来重视对疾病的“预防为主”原则，主张未病先防。对传染病的具体防疫措施有：1.对外感瘟疫病人，应早发现、早诊断、早治疗，提高疗效。2.早期隔离病人。3.对有疫病密切接触者，或病源携带者的发现、监测和管理。《治疫全书》“毋近病床塌、毋凭死者棺触臭恶，毋食病家食菜，毋拾死者衣物”，提出防疫隔离的具体要求。4.对动物传染源认识和措施。《金匮禽兽鱼虫禁忌并治》“六畜自死，皆疫死，则有毒，不可食之”，“狸肉漏脯等毒，果子落地经宿，虫蚁食之者，人大忌食之”指出病畜及被污染物品不能食用，重视食品卫生。5.切断传播途径的措施。《本草纲目》“天行瘟疫，取初病人衣服，于甑上蒸过，则一家不染”，已采取蒸气高温方法灭菌防疫。6.对易感人群的防疫措施。《景岳全书》“夏秋新凉之交，或疾风暴雨，或乍寒乍热之时，善养身者，外而衣被，内而口腹，宜增则增，宜节则节，略为加意”，重视个人防护，预防疾病。7.预防接种的创始与应用。我国早已采取措施与天花作斗争，明《寓意草》（1643年）记“种痘医案数例”的“人工种痘”法，《张氏医通》（1695年）载“种痘说”：有“痘衣法、痘浆法、旱苗法、水苗法”四法；《种痘新书》（1741年）已记“种痘八九千人”。现公认，这种人工种痘，虽在安全度上存在一定问题，但这一创举，启示了后人将它改造为“牛痘”接种法全球施用，人类终于在1977年根除天花。这也为人类提供了彻底根除某一种严重传染病的成功范例。
三、治疗方法
具体治疗法则有：1.针对瘟疫、伤寒、温病同是传染性热病理论，采取“辨证”施治方法。传染病的种类很多，但具有其共同临床特点，即病原体在受传染的人体繁殖过程，从一个阶段进展到另一阶段呈规律性。每一个传染病从发生发展以至恢复，一般可以分潜伏期、前驱期、发病期、恢复期等几个阶段，采取相应的治疗措施。中医学认为传染病的发生、发展过程，是于外邪侵犯人体由体表入里，或由口鼻入内自上而下，由浅表深入内脏病变过程，同样有类似相应“分期”和治疗方法。如《伤寒论》将“外感热病”立“六经病脉证并治”六期分证；《温热论》分“卫气营血”四期辨证；《温病条辨》划“上中下三焦辨证”三期分证。每个证期都有其主因、主症、主方。三者分类方法之间，并存在着交叉联系，理、法、方、药相一致。如以传染病发病期中“稽留热”，中医六经辨证中属于“阳明病”、卫气营血辨证属“气分证”、三焦辨证属“中焦病证”，临床表现为“但热不寒，壮热”，“里实热证”。治疗法则宗《内经》“热者寒之”，选择白虎汤为主方进行治疗。至于传染病的发生与发展，常以不同类型出现，如轻型、重型、再感染、重复感染、再燃复发等等。在中医学里分别称为“合病、并病、顺传、逆传、食复、劳复”等进行辨治。2.针对瘟疫、伤寒、温病的病因微有不同，采取“辨病”和“特效”专病、专方、专药治疗。中医药在防治传染病过程，已积累出一定数量行之有效、可重复性的“专方专药”。如《伤寒论》中的茵陈蒿汤治“阳黄”，葛根黄苓黄连汤治“热利”，白头翁汤治“湿热痢”，现分别用于病毒性肝炎、痢疾等肠道传染病有效。又如，《摄生众妙方》荆防败毒散、《温病条辨》银翘散，治疗上呼吸道感染、流感、发疹性传染病等有效。《东垣试效方》普济消毒饮治疗急性腮腺炎、丹毒、猩红热等病毒、细菌感染疾病有效。3.中医药适宜技术的应用。自古以来，中医药适宜技术同样在防治传染病发挥了积极的作用。如在《伤寒论》六经辨证的397法中，论述针灸疗法的有33法；又如《霍乱论治法篇》除了应用内服药治疗传染病外，常采用“通关散吹入鼻中取嚏”开窍急救；以及“刮痧、淬法、刺法、熨灸、敷贴、榻洗”等适宜技术治疗瘟疫传染病。
四、展望
最近，新《传染病防治法》已公布，其中明确指出“国家发展现代医学和中医药等传统医学，支持和鼓励开展传染病防治的科学研究，提高传染病防治的科学技术水平”，同样对中医药医、教、研工作者提出了新的要求。因此，我们不能停留在中医药防治传染病“古已有之”、“经验丰富”，而要研究新情况，要在继承传统学术基础上，应有所创新发挥，作出新贡献。如重新认识“邪正相争”疾病发生、发展变化及其转变规律；研究“皮毛、腠理、气血津液”与“人体非特异性、特异性免疫防卫系统”免疫原理；研究运用中医药方法（包括针灸等）防治某些病毒性疾病、获得性免疫缺陷综合征等等。