吴佩衡1921年离乡来云南。初到昆明，欣闻名医不少。他虚心学习他人经验，但不盲目跟从，用自己的方法医好了不少病人，令当地同行吃惊不小。
中年以后，吴佩衡集中精力深研仲景学说，倡导经方学理，强调阴阳学说为中医理论的精髓，辨证论治是临床诊疗的准则，冲破了当时某些世风俗习。他尊古而不惟古，力求实际，大胆创新，古方今用，拯救了不少垂危病人。时一高官的独子患伤寒病，病势垂危，奄奄一息，经中、西医多次治疗均未获效，已宣告无救。吴佩衡照仲景法，采用大剂四逆、白通诸方，一举而险除。吴佩衡回春绝技，最突出地表现于伤寒坏症、肺脓疡、阴胆症、肝水肿等阴症险疾上，经他放手治疗，都得救治痊愈，显示了他在医术上的超群技艺和个人胆识。逐渐名扬全市。
他一贯以治病救人为己任，日理百诊，来者不拒，从不马虎了事。他诊治病人，不分高低贵贱，无不精心医治。对贫穷无钱的病人，除免费义诊外，还经常免交药费；对疑难重病，则亲自前往督促病人服药；有的病家缺乏煎煮附子经验，他也耐心指导。
中医中药是中华民族的优秀宝库，但是国民党政府1929年4月24日却提出“废止中医案”。令全国中医界一片哗然，佩衡也怒火万丈，召集昆明中医界开会以商对策。会上同仁推选他为代表到上海去抗争。在上海会议上，到会的有17个省的237个集体457个代表。此次会议又选出27个代表到南京请愿，他是其中一员。他们到南京面对面地向国民党中央政府提出：中医中药是中国的国宝，决不能丧尽天良来“废止中医”，要求撤销此案。中央政府不得不妥协。之后他在上海行医6年，1937年2月返回昆明。1939年被选为昆明市中医师公会理事长。1942年云南省建立中医师公会，他又当选为省公会理事长，后又兼任云南省中医考试委员会主试委员和贵州考铨处中医考试襄试委员及检复委员。1945年创办《国医周刊》。1950年创立云南省私立中医药专科学校，任校长兼主讲教师。
他在中医事业上成效显著，声名远播，1956年、1959年两次上北京出席全国政协会议和全国文教卫生群英大会。1959年加入中国共产党，先后任云南中医学校校长、云南中医学院院长、中华医学会云南中医分会副会长、《云南医药杂志》编委会副主任、云南省政协常委。
在中医中药方面吴佩衡有许多独特见解，如，用四逆二陈麻辛汤治疗寒湿痰饮咳嗽及寒喘；用吴黄四逆汤治疗虚寒胃痛及血寒气滞等疾病；以白通汤治疗体弱神迷、疹出性慢色暗的麻疹患儿；以辛温扶阳剂挽救衄血、崩漏及寒闭危症；重用当归、杭芍治热痢下重；参麦阿胶适当配伍以收润燥养阴之功，等等。
吴佩衡十分重视培养中医中药人才，桃李满云南。他言传身教，毫无保留地把经验传授给门徒和学生。一家三代从医人员有20余人。他在中医药专科学校主持中医病理学及伤寒论的讲授，培养学生140多名，为云南中医办学开了先例。解放后，他仍继续从事中医保健和医学教育事业，虽年过花甲，除坚持临床诊疗外，还从事中医教学。
1971年4月25日因病与世长辞，终年85岁。
