近代中国社会经济状况异常复杂，中医在极其困难的条件下继续发展。早在19世纪西方传教士来到中国兴建大量医院、学校及药房，使西医学急速发展起来。另外，政府的医疗政策主导了医学发展。
例如1920-1940年国民政府期间，政府采取排斥、抵制中医的措施，认为提升西医学地位等同将国家现代化。西方医学传入后，一些医家试图将中西医学加以汇通，从理论到临床，从药物到处方都提出了独特见解，形成中西医学汇通的思潮和学派。
这对中医的后来发展有深远影响，造就中西医并存的局面。
中华民国是继清朝后的一个时期。1912年孙中山在南京宣布建立中华民国，就任临时大总统，结束了两千多年的帝制。由于当时帝国列强侵略和争夺，北洋军阀之间连年混战，使中国陷入极端混乱的局面。
1927年，以蒋介石为首的国民党，建立南京国民政府。通过南京政府整合及镇压，最后基本实现了全国统一。
中国封建帝制的结束，标志中医药发展的高峰期过去。当其时百姓不但受到饿荒折磨，全国各地还有数10万人死于传染病，如霍乱、鼠疫、天花、黑热病、白喉、猩红热、疟疾、结核或寄生虫病等非常猖獗。
新文化运动及政治社会改革活动是当时的潮流。文人学者高喊民主与科学，百姓希望中国再次强盛，以对抗西方资本主义。不幸地中医学被贬为"不科学思想"，是推动国家现代化的障碍，因此政府采取抵制措施。
抵制中医运动声势浩大，国民政府卫生官员汪大及余岩等更提出议案要取缔中医学。1929年国民政府通过余岩等人提出的"废止旧医以扫除医事卫生之障碍案"，同时进一步建议实行新的医疗制度。
议案内批评中医理论为贷空结论，中医治疗方法如针炙等是迷信活动。提案通过后，立刻引起全国中医界的极大愤怒和强烈反对。132位中医团体代表集结在上海，组成全国医药团体联合会，向政府请愿要求取消决议。
当时政府消灭中医学的具体方法包括，严格限制中医执业、禁止所有医药广告刊登及不准兴办中医学校及医院。在此非常时期，热心支持者仍继续开办学校和出版刊物，为捍卫及保存中医药知识起了积极作用。
最后种种抵制措施虽未达目的，中医药仍然得到普遍支持，特别是乡镇居民，但中医事业已造成严重的摧残。
· 中西医汇通及科学化思潮
西医学在中国的突出发展，为中医带来巨大冲击，然而很多中医师并没有放弃自己的传统文化。他们建议并除中医的缺点，同时吸收西医学的优点。
当时医学家都提出一些汇通中西医见解，并且不继为后人承接，逐渐形成了中西汇通思潮及学派，对后世有深远的影响。初期的表表者有：张锡纯、恽铁樵及杨则民。
在消灭中医措施的压力下，仍有一批热爱中医事业的有识之士，为了保存和发展中国医药学，力创办中医院校、出版中医药杂志及组织中医学会。例如丁甘仁及谢利恒等创办上海中医专门学校(1917)，包识生等创办神洲医药专门学校(1918)。
他们一边忙于诊症及教学，一边专注于编写教材，成功培养了一批中医药人才，成为后期继承及发扬中医学的骨干力量。
· 中医药发展的新阶段
1949年中华人民共和国成立后，政府指导医疗人员学习及汇通中医，发表"团结中西医以创造新的医疗系统"为政策指引。同时投入大量资源兴建学校、医院及研究中心，将中医药的执业转化为现代模式。
大量的科学研究，取得了一些重要成果;如今可在骨折治疗时，先以X光诊断，之后用特殊中医小夹板局部外固定复位;更在针刺麻醉下进行脑肿瘤或剖腹生产手术;传统武术太极拳可以增强免疫系统功能，预防慢性病。
从50年代开始，政府有计划有组织地加强中药的生产与供应，成立国家中药材总公司。鼓励各地查清本地中草药资源，有计划种植及采集中草药。此外，又对很多名贵中药进行人工试种试养，都取得良好成绩。
1982《宪法》写入“发展现代医药和我国传统医药”。
2006颁布的第一批非物质文化遗产保护名录，传统医药作为第九大类共9个项目列入名录。
党的十七大报告中又一次明确指出要“中西医并重”、“扶植中医药和民族医药事业发展”，在法律上和政策角度赋予中医合法的地位。
今天，中国仍然普遍接受中医治疗，大多数医院充分结合应用两方面的技术。主要的医学院亦提供双方面的医学教育，学生可选中医或西医为主修。然而医生们通常同时接受中西医疗培训，只是较注重某一方面而已。
随同中医药继续科学研究，很多新、旧医疗问题已得到解决。今天中国存在三合一医疗体系，即是中、西治疗及综合疗法的混合。日常使用的中医疗法如针炙、推拿、汤剂及草药等，都增加了西方理论或设备的应用，这种混合医疗加强了各方面的能力 。
