中医外科学的起源要追溯到遥远的过去。在原始社会，人们在劳动和生活中与野兽搏斗，与气候抗争，不可避免地会出现各种创伤，从而产生了用植物包扎伤口，拔去体内异物，压迫伤口止血等最初的外科治疗方法。以后发展到用砭石、石针刺开排脓治疗脓肿。殷商时期出土的甲骨文已有外科病名的记载，如“疾自、疾耳、疾齿、疾舌、疾足、疾止、疥、疕”等。周代《周礼·天官》中所载“疡医”即指外科医生，主治肿疡、溃疡、金创和折疡。《五十二病方》是我国现存最早的医书，书中已有痈、疽、金疮、痔疾、皮肤病等许多外科病的记载，并记录了砭法、灸法、熨法、熏法、角法、按摩等疗法。
《内经》为中医药学建立了系统的理论基础。《内经》涉及的外科疾病近30种，包括《素问》中的丁、痤、疿、痔、口疮、疝、厉风、瘕等及《灵枢》中人体不同部位的痈疽17种。书中阐述的痈疽疮疡的病因病机现仍是外科疮疡类疾病证治的理论基础，如《素问·生气通天论》中的“膏梁之变，足生大丁（丁与疔同）”等，并最早提出用截趾手术治疗脱疽。
汉代张机的《伤寒杂病论》时中医外科的贡献较大。书中建立的辨证论治理论对外科疾病的证治同样具有重要的指导意义。书中对肠痈、寒疝、蛔厥等外科病的诊治作了比较详细的论述，所载大黄牡丹皮汤、薏苡附子败酱散、乌梅丸等至今仍为临床所采用。汉末华佗是我国历史上著名的外科医生，他第一个应用麻沸散作为全身麻醉剂，进行死骨剔除术、剖腹术等，堪称外科鼻祖。
两晋、南北朝时期，由龚庆宣所撰的我国现存第一部外科专著《刘涓子鬼遗方》问世。书中主要内容是痈疽的鉴别诊断与治疗，载有内治、外治处方140个。该书最早记载了用局部有无“波动感”辨脓，并指出破脓时切口应选在下方。首创用水银膏治疗皮肤病，比其他国家早了6个世纪。葛洪所著《肘后备急方》记载了许多简易有效的医方与外治方法。他提出用海藻治瘿，是世界上最早应用含碘食物治疗甲状腺疾病的记载。提出用狂犬脑组织外敷伤口治疗狂犬咬伤，开创了用免疫法治疗狂犬病的先河。
隋代巢元方所著《诸病源候论》是我国现存最早论述病因病机的专著，书中对许多外科疾病包括40余种皮肤病的病因病理进行了阐述，如指出疥疮由虫引起，对炭疽的感染途径认识到“人先有疮而乘马乃得病”。
唐代孙思邈的《千金方》是我国最早的一部临床实用百科全书，书中记述的手法整复下颌关节脱位与西医学的手法复位相似；而其用葱管导尿治疗尿潴留的记载比1860年法国发明橡皮管导尿早1200多年。该书记载的脏器疗法如食用动物肝脏治疗夜盲症等经验被后世医家证实了其科学性及有效性。此外，王焘的《外台秘要》载方6000余首，其中有不少是外科方剂。
宋代对外科学贡献较大的有王怀隐的《太平圣惠方》，书中记载了痔、痈、皮肤、瘰疬等外科病的证治，确立和完善了判断外科疾病转归及预后的“五善七恶”学说，提出扶正祛邪、内消托里等内治法则。该书还记载了用砒剂治疗痔核的方法。
金元时期，医学思想异常活跃，出现了金元四大家，这对当时的外科学发展也有较大的影响。这一时期外科学的代表著作有陈自明的《外科精要》、朱震亨的《外科精要发挥》、齐德之的《外科精义》以及危亦林的《世医得效方》。其中以《外科精义》影响较大，它首次把26部脉象变化和外科临床紧密结合起来，还指出外科病是阴阳不和、气血凝滞所致，为外科整体观念的建立作出了贡献。《世医得效方》是一本创伤外科专著，对伤科的发展有很大贡献，其提出的对脊柱骨折采用悬吊复位法，比西方提出悬吊复位法要早600多年。
明清时期，中医外科学进入自身发展的黄金时期。此时，外科专著大量涌现，名医辈出，学术思想活跃，出现了不同的学术流派，最有代表性的外科三大主要学术流派为：以陈实功的《外科正宗》为代表的正宗派，以王维德的《外科全生集》为代表的全生派，以及以高秉钧的《疡科心得集》为代表的心得派。此外，汪机的《外科理例》主张外科病治疗“以消为贵，以托为畏”，并首创玉真散治疗破伤风。陈司成的《霉疮秘录》是我国第一部梅毒病专著，书中指出梅毒由性交传染且可遗传，并详细记录了应用砷、汞剂治疗梅毒的方法。此外，吴谦等著《医宗金鉴·外科心法要诀》，余听鸿著《外科医案汇编》等，至今仍是学习外科的重要参考书。
近代外科方面有代表性的专著如吴师机的《理瀹骈文》，该书集外治法之大成，主张以外治法通治内、外诸病，载方1500余首，以膏药疗法为主，治病范围遍及内、外、妇、儿、伤、五官等科。此外，还有马培之的《外科传薪集》及张寿颐的《疡科纲要》等十几种外科专著。
