轻型肾盂肾炎经过一般治疗和抗菌治疗后症状多能消失，细菌培养转阴。但对于严重的肾盂肾炎或轻型肾盂肾炎处理不当而出现发热寒战、腰痛、血象有白细胞明显升高等全身中毒症状者，可肌肉或静脉给予抗生素。如庆大霉素8万单位或妥布霉素1.5mg/公斤，每8小时一次；氨苄青霉素3.0克或头孢噻肟3.0克，每日2次；甲氟哌酸400mg，每日两次。也可先用氨苄青霉素，必要时加用庆大霉素，如果治疗未能显效，应根据药敏结果更换抗生素。如果还未显效，则应考虑并发肾内或肾周围脓肿，需行B超或CT检查，以明确炎症发展状况，选择有效的抗生素，待患者症状控制2天后，改用口服有效抗菌药，如复方新诺明、氟哌酸、呋喃口旦啶等，完成2周疗程。
重症急性肾盂肾炎如使用上述常规的抗菌素治疗3～4天，菌尿仍不能转阴，且临床症状加重，有严重的寒战，疑为菌血症，甚至出现低血压，呼吸性碱中毒，疑为革兰氏阴性败血症者，多是复杂性肾盂肾炎，致病菌常为多重耐药的革兰氏阴性，可选择半合成广谱青霉素、氨基糖甙类、第三代头孢菌素类、单环型-内酰胺抗生素联合应用。在病情允许时，宜尽早确定有无尿路梗阻等情况。如有尿路梗阻，应及时纠正尿路引流不畅，否则，复杂性尿路感染不易治愈。有的病人在治疗过程中，原发细菌经治疗后消失，但又产生新的细菌，或者细菌本身发生突变，对正在应用的抗菌药物产生耐药性，所以，需要反复进行细菌培养及药物敏感试验，根据检查结果，重新调整抗菌药物，直至体温正常，全身症状消失，细菌培养阴性2周后为止。