气垫运动鞋在产生之时就备受质疑，对于气垫鞋是否能真正为运动中的双脚提供强有力的稳定保护，科学界更是一直颇有争议。
研究认为，气垫运动鞋存在的健康隐患主要有：容易崴脚气垫运动鞋虽然有利于弹跳运动的发挥，但是它容易造成脚踝扭伤。
一般来说，脚的外侧受力通常比内侧大，运动时就容易造成脚向内翻转而崴脚。气垫的厚度加大了鞋跟的高度，踝关节的感觉就变得迟钝，气垫越厚，向内翻转的可能性和势能也就越大，损伤也越严重，道理同高跟鞋容易崴脚是相同的。
气垫的不稳定性还能形成“翻板”效应（脚外侧着地时，内侧的厚度相应增加，整个鞋底瞬间形成一个斜面，导致足底失衡促使踝关节向内翻转），加大崴脚的风险。
影响足部发育人体重心的落脚点在脚上，直接与脚相关的就是鞋，鞋穿得不合适会引起一些常见的足病。气垫鞋大多是中跟，鞋跟高度首先影响足部健康。一系列的足病如拇趾外翻、趾间神经瘤、平足症等均与鞋跟过高有关，其损害程度的大小与鞋跟的高度成正比，对足部发育不利。损害脊椎健康如果把人比作一个建筑物，那么鞋就是这个建筑的地基。随着鞋跟高度的增加，人的重心逐渐前移，脊柱弯曲也逐渐增大，腰椎和颈椎的受力越来越集中，必然形成慢性损伤，这种损伤的积累可能导致腰痛和颈椎病的发生。
因此，少年儿童的脚尚在发育中，穿薄底的鞋，有利于脚部充分接触地面，令足弓和脚部肌肉长得更好。而穿厚底鞋或者有气垫的运动鞋，则会令足部发育不良。