男性生殖器官分内外两部分。内生殖器包括睾丸、输精管和附属腺；外生殖器包括阴囊和阴茎。这些器官在青春期前发育非常缓慢，进入青春期后，在促卵泡生成激素、促黄体生成激素及雄激素的作用下，开始迅速发育，其速度远远超过其他系统。阴囊，是个起皱的小口袋，由腹壁皮肤形成，颜色比周围皮肤深。阴囊分左右两半，正中联接起来，左右两半囊里各有睾丸和附睾一个。阴囊的皮肤有弹性，表面皱褶很多，气温高时松弛，皮脂腺和汗腺分泌旺盛，加速散热；气温低时收缩，减少散热，并向身体靠拢。阴囊的这种自动调节功能，主要是保护睾丸的生精功能。阴茎是男性的性行为器官，其前端是龟头，神经纤维丰富，是最敏感的部位。睾丸发育1年后，阴茎开始增大增粗，17～18岁时发育如成人水平。包在龟头外面的一层薄薄的皮肤，叫包皮。
青春期开始，由于阴茎迅速增大增粗，包皮渐渐向后退而露出龟头。如果青春发育后包皮仍然包着龟头，需要翻动后才能露出者，称为包皮过长；若不能翻出来的，叫做包茎，需要手术治疗。包皮内常积存有包皮垢，青春发育期，包皮垢产生比较多，应当经常翻过包皮洗一洗，以免引起龟头和包皮发炎。睾丸是男性生殖器最重要的一部分，是一对卵圆形的腺体。睾丸容积在青春期前仅大于婴儿期，不足3毫升。进入青春期后，睾丸迅速发育，容积可达12毫升以上。里面曲精细管长度及曲折程度增加，管腔增粗，管壁基膜上精原细胞不断分裂繁殖，出现各期生精细胞，最后发育成精子。睾丸还分泌雄性激素，因此睾丸既是生殖器官，也是内分泌器官。
在胎儿期，睾丸是在腹腔内的，出生后睾丸才下降到阴囊内。有的男孩在阴囊里没有睾丸或只有一侧有，这是由于睾丸还停留在腹腔内未降下，医学上称为"隐睾症"，应及早去医院检查治疗。男性生殖器官的附属腺有精囊、前列腺、尿道球腺等。青春发育开始后，上述诸腺体均迅速发育并分泌液体，与精子混和后形成粘稠的乳白色精液。遗精是男性特有的生理现象，是青春期发育的重要标志。青春期后，健康男性均可发生。
首次遗精年龄平均为14～16岁，比女孩月经初潮平均年龄约晚2年。首次遗精多发生于夏季。初期的精液里可能没有成熟的精子。首次遗精发生后体格发育渐趋缓慢，而睾丸、附睾及阴茎却在迅速发育，接近成人水平。青春期男性，随着生殖器官发育，出现第二性征如毛发（阴毛、腋毛及胡须）生长、变声及出现喉结等。阴毛最先出现，其次是腋毛。腋毛出现1年后，长出胡须。喉结的突出是男性特有的第二性征。