中毒性脑病是一种很严重的疾病，父母是不可能在家里给孩子治疗的，唯一能作的事是当发现孩子出现中毒性脑病症状的时候，应当立即送往医院。医生会对高热、惊厥、脱水、缺氧及血生化学改变（如低血糖、低钠血症、酸血症）以及呼吸衰竭等，进行适当处理。对昏迷病人还应吸出痰液，保持呼吸通畅，及时供氧并持续较长时期，促使脑水肿消退。必要时应进行气管切开和人工呼吸。对惊厥、昏迷等脑症状采取的对症治疗，包括药物治疗如采用抗惊厥、抗高热药、抗脑水肿药等；对反复颅压增高病例宜反复应用，以防脑疝。同时还可加用快速利尿剂以增强脱水剂的作用。肾上腺皮质激素，如氢化可的松、强的松、地塞米松，均有快速消炎与消水肿的作用，宜短期使用，一般不超过一周。中医疗法如祖国医学中的羚羊钩藤饮或三甲复脉汤加减，也具有镇惊熄风的作用。对中枢性失明患儿采用针灸疗法与烟酸或654-2等药物配合使用，是一种有效的辅助治疗以促进症状的缓解。
如果孩子患了很严重的中毒性脑病，可能会留有严重的后遗症。父母尽量护理好孩子，帮助孩子恢复到病前的语言和运动水平将是很艰苦的工作。由于多数病人可以在中毒性脑病出现不久就得到及时的治疗，所以症状能很快消失，没有发生后遗症。但是如果孩子昏迷的时间长，可能留有严重的后遗症。后遗症可能包括呆傻、失明、耳聋、瘫痪等。少数病人可能会因病情严重而死亡。