药材最好是放在高燥凉爽、空气流通的地方贮藏、根据药材性状不同，贮存保管的方法也应加以区别。
1．根茎类药材的贮藏 类药材干燥后需放置于通风、阴凉、低温、干燥的场所贮藏。不宜堆积过高，最好用容器盛装；夏季注意翻晒，预防虫蛀。
2．根类药材的贮藏 这类药材一般存放在冷凉低温的地方。雨季到来之前，可用硫磺熏蒸1次，然后晾晒再行装入容器内保持干燥。
3．种子、果实类药材的贮藏 这类药材在贮藏中应注意防鼠、防虫。雨季空气湿度大、温度高，要防止发霉出油。
4．皮类、叶类药材的贮藏 此类药材干燥加工后应打捆或用筐篓盛装，放置在通风冷凉处。对于比较贵重的品种如桂皮等，应装入内衬铝皮的木箱，在箱内放进硅胶干燥剂，密闭贮藏。
5．花类药材的贮藏 花类药材贮存以能够保持其色鲜味正为原则，一般宜用木箱包装。如金银花每箱包装25千克，密封，使与外界空气隔绝。夏季放进冷藏仓库效果良好。
贮藏药材应根据不同种类采取不同的措施，以保证干燥、防止霉烂，避免虫、鼠危害。贮藏期间一般以室温15-18℃、相对湿度在20％-50％为宜。
近年来，加工贮藏药材用的现代化空调设备日渐普及，化学干燥剂的应用也逐步得到推广，药材的干燥加工和贮藏方法将会得到不断改善与提高。