目前我国主要采取灭活、基因重组两种方式研制非典疫苗。
灭活疫苗就是获得病毒以后经过一些方法的处理，让病毒完全丧失活性，一般由被杀死的病原微生物制成。将这种疫苗注入机体后，其中的病原微生物不会对机体产生危害，而机体则会对病原微生物表面的抗原结构产生两种免疫应答：体液免疫和细胞免疫。在体液免疫中，机体通过一种名为“Ｂ淋巴细胞”的白细胞合成分泌针对病原微生物抗原结构的抗体分子，抗体分子将病原微生物包裹，可阻止其感染机体细胞并帮助机体其他免疫分子将其消灭。在细胞免疫中，机体通过一种名为“细胞毒性Ｔ淋巴细胞”的白细胞来摧毁寄生于受到感染的机体细胞内部的病原微生物。但有些病毒在灭活后输入人体不仅不能促使人体抵御病毒，反而会在病毒入侵人体后加重病情。如果非典病毒证明具有这种特性，就不得不再去花大量时间研制减毒疫苗，也就是使病毒繁殖很多代，有时甚至上百代，逐渐去除病毒大部分活性，将其做成疫苗。
基因重组方式则是通过实验，找到病原微生物表面抗原分子的各种基因片段。经过筛选，得到对病原微生物来讲最易识别、特异性最高、其他生物体所没有而又最容易引起机体免疫应答的基因片段，把它重组到动物细胞表达系统中，产生相应的蛋白。再把蛋白注入动物体内做免疫实验，观察产生抗体的效果，需要通过充分的实验确保切实有效。