引起三七根腐病的原因很多，在田间表现的症状也比较复杂，症状不同通常是由不同的病原引起。根据目前掌握的资料看，引起三七根腐病的病原主要有真菌性病原和细菌性病原。
1、细菌性根腐：七农俗称“绿臭”。主要发生于种苗移栽田，在出苗期间引起芽腐。该病在二、三年生三七整个生长期都有发生，一般在芦头与芽基结合处出现褐色水渍状病变，继而呈角状向上蔓延，造成茎杆基部腐烂中空；病害发生初期在晴天中午很容易发现，植株地上部表现为急性萎焉，即叶片呈绿色萎焉披垂；在发病部位可以看到百色菌脓，闻有臭味。
2、真菌性根腐：三七真菌性根腐由于引起的病原种类不同，表现症状也不同。主要有以下几个类型：
（1）黄腐：表现为地上部植株矮小，叶片黄化；地下部块根初期根部末端受害，以后逐渐向内部扩展，受害病根呈黄色干腐，常可见黄色纤维状或破麻袋片状的残留物。七农称为“黄臭”。
（2）块根开裂：受害块根表现为块根开裂、黄褐色，地上部植株矮小。
（3）受害块根表现为髓部组织首先腐烂，而根部皮层仍相对完整。该病害在各年生三七上均有发生，但以二、三年生三七发病较为严重。在三七整个生长期间均有发生，但以3～5月份和9～10月份发病较为严重。出苗期间又以二年生三七发病严重，表现为芽部腐烂，受害部黄褐色，并可蔓延至茎杆基部，造成植株倒伏，地上部叶片仍为绿色。