甲壳素壳聚糖是安全无毒的天然高分子化合物：是天然多糖中惟一的碱性多糖，具有许多良好的物理化学特性和生理活性功能。其分子链上有许多特殊的功能团，使它比其他合成高分子更适合于功能食品领域。归纳起来，甲壳素壳聚糖在功能食品中的应用有以下几个方面：
辅助治疗疾病的物质 壳聚糖因其结构的特殊性而具有许多独特的生理活性功能，其活性与壳聚糖的分子量、脱乙酰度、粘度、密度等因素有关，脱乙酰度越高，生物活性也越高。高脱乙酰度的壳聚糖对人体细胞有良好的亲合性，能激活、修复细胞，从细胞的深层次对人体进行整体调节。壳聚糖是具有保健功能并对现代疾病有辅助治疗作用的优良物质。
减肥食品添加剂 根据—项研究结果发现，壳聚糖可与动物体内的脂类物质结合形成络盐或复合物而随粪便排出，而且这类复合物仍然能再结合大量的脂类物质。将壳聚糖或壳聚糖的脂肪酸络盐作为脂肪清除剂加到食品中，可制成减肥食品。如果使用壳聚糖的脂肪酸络盐作为减肥食品添加剂效果更好。
可食薄膜 壳聚糖还可用于可食薄膜的生产中，以提高其韧性。又因其具有优良的抗菌性能，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、小肠结炎耶尔森氏菌、鼠伤寒沙门氏菌和Iist单核增生菌这五种常见的食物中毒菌都有较好的抑制作用，可用作安全无毒的绿色食品防腐剂。