虽然高热惊厥的患儿中多数预后是好的，但孩子发生高热惊厥后，父母最担心的就是他们的智力发育是否会受影响。
各国学者对高热惊厥是否会引起智力低下和行为异常，尚没有统一看法。有的学者认为引起神经系统后遗症的发病率比较高，主要是因为长时间的惊厥发作可引起不可逆的脑细胞损伤；而有的学者认为神经系统的后遗症不是高热惊厥的结果，而是孩子在发病前就有脑发育障碍。
出现这种分歧的主要原因是大家选用的标准不一样。在我国一些学者对高热惊厥的孩子跟踪5年的研究证明，高热惊厥引起智力发育落后者大约占13%。智力低下表现为精神运动发育迟缓，对周围环境适应能力差，语言发育落后等。有的孩子则表现为计算能力差，出现明显的学习困难。有的孩子有明显的行为异常，主要表现为过渡兴奋，躁动不安，注意力不集中，破坏性大，自制能力差，成为“多动症”的原因之一。这些后遗症主要与高热惊厥发生的次数、频率、惊厥时间长短等因素有关。
总之，高热惊厥的病程经过大多数是良好的，但具体到每一个孩子是否可出现智力发育、行为、学习能力的问题，就要区别对待了。作为一个高热惊厥患儿的家长，首先要作到的就是不但要密切注意观察孩子的体温，最大程度的减少高热惊厥的发生，而且一定要在小儿科神经科医生的指导下进行预防和治疗。