接种疫苗是预防流脑最主要、最有效的措施，但要注意按防疫部门的要求进行疫苗接种。在流行期内、流行区周围以及与流脑病例可能接触的人员、前往流行地的游客均应接种疫苗，以提高免疫力。如果是预防接种不规范、常有漏种的外来流动人口，一定要及时补种。一般在每年的11~12月份接受一次疫苗注射，能起到较好的预防效果。我国已对儿童实施流脑疫苗预防接种多年，保护率可达90%以上。目前我国市场上供应的A＋C群双价多糖疫苗，能有效诱导出抗体。
需要指出的是，有下列情形之一的人，接种流脑疫苗要慎重：有中枢神经系统感染的病人；有高热惊厥史者；有严重心、肝、肾脏疾病，尤其是脏器功能不全者；有精神系统疾病和精神病的人；有药物和食物过敏史者（对过敏体质者应在有急救条件的场所观察40分钟）。发烧或正处于疾病急性期的人，接种流脑疫苗也要慎重。
同时，接种流脑疫苗要针对该地区流行的菌群，注射相应的疫苗。如我国过去一直是A群，近几年出现了B群、C群，国家防疫部门会根据流行病调查情况，安排相对应的疫苗。一般情况下，老百姓应按有关部门要求，认真接种疫苗，以防止得流脑病及预防流脑流行。