治疗牙周病，必需先对牙周组织的状况及破坏程度先作一番了解与评估，通常是藉由全口牙根尖X光片及牙周囊袋深度测量来达成，评估完后才能拟定治疗计划，通常牙周病的治疗分三期：
治疗初期：
将口腔内所有脏东西尽量去除，包括病人本身口腔卫生清洁的完全配合，包括牙刷及牙线等，清洁工具的正确使用。而后以全口超音波洗牙，牙周囊袋深部结石的刮除及牙根整平术，去除不良膺复物、咬合干扰等。
手术期：
比较严重的患部，尤其牙周囊袋较深之处，需做牙周翻瓣术，方能彻底将结石及病变组织清除。牙周手术是局部而又安全的手术，在牙科门诊即可施行。局部麻醉下，将牙龈稍微翻开，牙周深部的结石、肉牙组织彻底清除，若有骨损失，可配合放置「牙周再生膜」及「人工骨粉」使破坏的骨组织再生，达到积极重建牙周组织的目的。
维持期：
再经历上述的治疗后，通常花了三月至半年的时间，投注了么多的时间与心力于其上，维持成果是极其重要的。除了要永久不间断地做口腔清洁外，应依医师指示，定期回诊检查，以充分掌握牙周及口腔情况。