六神丸具有清热解毒、消肿止痛等功效，常用于咽喉肿痛、扁桃体炎、口舌糜烂、牙周炎及痈疽疮疖、无名肿痛等病症。但需注意的是，下列六种情况则不宜使用：
孕妇不宜：六神丸含麝香和雄黄等成分。麝香能引起子宫收缩，会引起流产或早产;孕妇亦忌雄黄，故孕妇禁用六神丸。
婴儿不宜：六神丸含有蟾酥，其有效成分为蟾毒素等，一次服过量即可引起中毒，故两岁以下的婴儿应慎用，新生儿禁用。
不宜与地高辛合用：因心衰或房颤服地高辛的心脏病患者应忌服六神丸。因为二者合用可引起心律失常。
不宜与消化酶合用：六神丸有抑制消化酶的作用，因此不宜与助消化药如多酶片、胃蛋白酶及淀粉酶合用，否则会使消化酶的疗效降低或失效。
不宜与阿托品合用：六神丸不宜与硫酸盐同服(硫酸阿托品、硫酸亚铁等)，因为硫酸盐会促使雄黄中的硫化砷氧化，增加雄黄的毒性反应。
不宜与华素片合用：华素片中含有碘分子，含碘的华素片与含朱砂的六神丸同服时，因朱砂中的二价汞能与碘结合，形成碘化汞类有毒汞盐沉淀，而导致药物性肠炎。（郑卫生）