冠心苏合丸具有芳香开窍、理气止痛的功效，是冠心病急性发作期的救治良药，常用于冠心病引起的突发性胸闷、心绞痛、心肌梗塞等症，有较好的疗效。但不少冠心病患者认为中药无毒副作用，长期服用冠心苏合丸。结果不但疗效不佳，还会出现不良反应。
冠心苏合丸中含有苏合香、冰片、乳香、檀香、青木香等芳香药物，久用会耗气伤阴。因冠心病人多属心气不足，本虚标实之体，久服冠心苏合丸会使本来虚弱之气愈伤。气为血之师，若气虚、阴伤，心气鼓动无力，则冠心病患者已狭窄的血管就更易瘀滞。
一般而言，冠心苏合丸是在冠心病急性发作期服用、急性期过后应改服其他药物，连续服用不宜超过1个月。
另外，阴虚火旺、胃病患者也不宜长期服用此药。因为冠心苏合丸所含的药物多属“辛温”之物，阴座火旺者本已是阴精亏耗、虚火亢盛，有口干舌燥、五心烦热之症状，再服此药必会加重病情；此药中含有较多的苏合香、冰片等对胃粘膜和食道粘膜有较强刺激的中药，故胃病患者不宜长期服用此药。