我国非典防治科技攻关的工作重心正由应急部署、全面启动转为协调督导、重点突破，从短期应急转为中长期科研以及公共卫生的科研能力建设。
据全国防治非典型肺炎指挥部科技攻关组透露，以临床救治、防护与预防措施应急科技攻关为重点的第一阶段工作已经结束，并取得一系列进展，科技攻关的下一步工作重点将着眼于以下方面：
追本溯源，查明非典病原来源，确定非典病原与人、与动物的关系，以有效控制疾病；研究确定非典病原传播和变异规律，筛查易感人群，以切断病原传播途径；研究非典病原致病机理，研制疫苗和治疗药物；进一步加强病原微生物基因组学和蛋白质组学研究以及动物模型建立工作，提高疫苗和药物研发能力和水平；系统开展病原微生物基础数据的收集、分析和整理工作，建立统一数据库和标本库；加强研究设施的完善和建设，强化研发能力建设。