疾病的分類方法主要有四种：
從形態分：
以隆、赤巴、培根來區分。隆病42种，赤巴病26种，培根病33种。共計101种病。
從疾病性質分：
分為本系、旁系兩類。本系疾病分為增型和損型，又各分別有增、极增、特增和損、极損、特損之异，共18种病。旁系病分合症、并症、并發症三型，其中合症、并症各分成均增型、偏增型和均損型、損型。本系旁系的疾病共計74种。旁系中的并發症有27种。上述病症合為101种。
按疾病發生部位分：
大致分為身、心兩部位的疾症。心病指瘋狂、病等。身体病包括內臟、頭部五官、咽喉部等部位病，身体下部包括二陰病，還有皮膚病，脈絡、骨骼等部位病。以及身体內外的赤巴病，水腫、膨脹、疾病、熱病、中毒等。總數共計101种。
以疾病种類分：
分為身体內部病、瘡傷、熱症、雜症等，合計也是101种。
以上四种分類方法共計疾病404种，与佛教“四大”學說思想相關，反映了佛學文化的丰富內含。但現代藏醫學已不僅局限于這四种分類法了。