六神丸是家庭常备良药之一，具有清热解毒、消肿止痛之功效。但它含有蟾酥，其有效成分为蟾毒素。一旦过量就会中毒，快则20分钟，慢则0.5~2小时，个别在12小时以上，故需严格控制适应症与剂量，且小儿慎用、新生儿禁用。
六神丸还会引起过敏反应。24小时内表现为：瘙痒难忍，喉头水肿，吞咽困难；严重者会出现过敏性休克、胸闷、心悸、呼吸急促、面色苍白、头晕昏睡、四肢湿冷等，需立即抢救。这与用量无关，而且不论内服、外用均会发生。
此外，六神丸含麝香等成分，会引起子宫收缩，故孕妇禁用；不宜与助消化药多酶片及胃蛋白酶合用；也不宜与抗贫血药富马铁片同服；更不宜与止痛药阿托品等联用，否则会增加毒性反应。