豆腐虽然是价廉物美、营养丰富的食品，但是含有大量的蛋氨酸，在酶的作用下，可转化为半胱氨酸。损伤动脉管壁内皮细胞，使胆固醇和甘油三酯易于沉积于动脉壁上，最终有可能导致动脉粥样硬化的形成。
此外，豆腐性偏寒，胃寒腹泻者经常大量食用豆腐亦会加重消化不良。