在中国科学技术大学担任心理咨询师证书机构有：

1、中科大心理学院：中国科学技术大学的心理学院是中国心理学教育和研究的重要基地之一，其心理健康研究所是国家教育部批准设立的一级学科点，由该校的心理学学院颁发的心理咨询师证书在业内具有较高的认可度。

2、全国心理学会：全国心理学会是中国心理学界的主要组织，拥有众多会员，全国心理学会颁发的心理咨询师证书也得到了行业内广泛的认可。

3、北京师范大学：北京师范大学是中国历史最悠久的高等学府之一，拥有强大的师资力量和丰富的教学资源，其心理咨询中心成立于1978年，旨在培养优秀的心理咨询人才，北京师范大学颁发的心理咨询师证书在业界也有很高的声誉。

4、上海交通大学：上海交通大学是一所以工为主，理、管、文、法、经、教育、艺术等多学科协调发展的著名学府，其心理健康研究中心成立于2005年，致力于为大学生提供心理健康服务，上海交通大学颁发的心理咨询师证书也在业界有一定的影响力。

5、华东理工大学：华东理工大学是一所以工为主，理、工、管理、文学、法学、教育、艺术等多学科协调发展的著名学府，其心理健康服务中心成立于2015年，旨在为大学生和研究生提供心理健康服务，华东理工大学颁发的心理咨询师证书在业界也有一定的知名度。

以上列出的一些高校或机构都有自己的心理咨询师认证体系，这些机构都会定期进行考试和评估，以确保其工作人员具备专业的心理咨询知识和技能，而且，这些机构也会对持证人员进行定期的专业培训，以保持其专业知识的更新和完善，通过这些认证机构的认证，可以证明一个人的心理咨询服务能力和水平。