心理咨询师证书是由国家人力资源和社会保障部颁发的，而不是由中国科学院颁发，这是一个历史遗留问题，主要是因为中国科学院的历史背景和当前的社会现实有所不同。

中国科学院是中国最大的科研机构之一，其科研成果遍布全球，特别是在医学、物理、化学、生物学等领域的研究具有显著优势，在中国的职称评定体系中，由于科研经费的投入相对较少，使得与之相关的专业资格如医师、研究员等更容易得到认可，而与临床服务密切相关的心理学等领域却相对较弱。

随着社会经济的发展，人们对于心理健康问题的关注度越来越高，这促使了心理咨询师等相关职业的需求不断增加，目前的心理咨询师的职业资格认证主要由人力资源和社会保障部或相关行业协会颁发，而非由科学院颁发。

为了解决这个问题，人力资源和社会保障部于2019年推出了新的《心理咨询师》专业人才认定标准，并明确规定了心理咨询师必须具备的条件和要求，包括学历、工作经验、专业能力等，人力资源和社会保障部也发布了《心理咨询师培训教程》，旨在提高公众对心理咨询的理解和认识，鼓励更多的人参与到心理咨询工作中来。

虽然中国科学院目前无法颁发心理咨询师的专业证书，但随着社会的进步和科技的发展，这个现象可能会在未来得到改变，我们期待在未来能够看到更多的心理咨询师获得专业的认可和称号，以满足人们对心理健康的日益关注。